【脚本搬运工】convert gbff to gff

作者: 巩翔宇Ibrahimovic | 来源:发表于2021-09-02 18:46 被阅读0次

写在前面
从NCBI下载的注释文件通常是gbff格式的，而我们平时做上游分析用到的大多数为gff或gtf文件，那么这两种格式之间怎么进行转换呢。一番搜索后得到如下perl脚本。

脚本1

简直太长了，有2350行之多，本来想学习一下作者的写法，看完直接劝退。我们直接跳到用法阶段。

#新建脚本
vim bp_genbank2gff3.pl #将脚本粘过来并保存
#赋予执行权限
chmod u+x bp_genbank2gff3.pl
# run
perl bp_genbank2gff3.pl file1.gbff

最终得到file1.gbff.gff。

image.png

然后执行命令和脚本一相同。

vim gbff2gff.pl
#赋予执行权限
chmod u+x gbff2gff.pl
# run
perl gbff2gff.pl file2.gbff

既然这两个脚本都能得到gff文件，那么它们的输出结果是否是一样的呢。这个时候我们需要用到linux中的diff命令。【https://www.runoob.com/linux/linux-comm-diff.html】

diff file1.gbff.gff file2.gbff.gff  -y -W 50 > diff.txt

文件内容几乎是一模一样，但是如果你不放心怎么办。没关系，你可以加入-q命令来输出两个文件不同的地方。

diff file1.gbff.gff file2.gbff.gff  -q -y -W 50 > diff.txt

输出结果如下

image.png

txt文件是0，说明这两个文件是完全相同的，所以用哪个脚本都是可以的。