生物学和物理科学之间有重大的不同，这一点往往完全被忽视。大多数物理学家似乎认为物理学理所当然地是科学的模范，而且只要了解物理学就可以了解其它科学，包括生物学。在科学家之间“物理学家的傲慢”（Hull，1973）已经成为谚语。例如，物理学家Ernest Rutherford认为生物学是“集邮”（Postage stamp collecting）。甚至素来没有物理学家一般傲气的V．WeisskoPf最近也忘乎所以地声称“科学的世界观是奠基于19世纪关于电和热的性质以及原子和分子的存在的伟大发现之上的”（1977：405），似乎达尔文、伯纳德、孟德尔以及弗洛伊德（还不算其它成百上千的生物学家）对我们的科学世界观没有作出巨大的贡献。说真的，他们所作的贡献可能比物理学家还要大。
读到这里尤为感触，在很长一段时间内传统生物至于我，就像是一种“集邮”活动。
在生物科学中我们所研究的现象是无生命物体所没有的，这种认识并不是新的。科学史，自亚里斯多德开始，就是力求表述生物学自主的历史，是试图抵制机械-定量式解释的历史。然而每当博物学家和其它生物学家以及某些哲学家强调性质、特殊以及历史在生物学中的重要性时，他们的这种努力往往遭到讥讽并简单地被视为“劣等科学”加以排斥。甚至康德也逃不脱这种命运，他在所写的《判断力批判》（Kritik derUrteilskraft，1790）中十分令人信服地争辩说生物学和物理科学不同，生物有机体与无生物不同。遗憾的是这些努力被贴上了活力论的标签因而被排斥在科学之外。严肃地对待生物学自主的要求还只是上一代左右的事，也就是说在各种形式的活力论消亡了之后。
生物学中的概括几乎完全是几率性的。有人曾作出这样的妙语：生物学中只有一条普遍定律，那就是一切生物学定律都有例外。”这种几率性的概念化与在科学革命早期认为自然界事物的原因都由可以用数学形式表达的定律支配的看法相去甚远。实际上这种思想显然首先是由毕达哥拉斯提出的，它一直到现在，仍然是主导思想，特别是在物理科学中。它一再成为某些综合性哲学的基础，虽然不同的哲学家对之有很不相同的表述形式，如柏拉图的本质论、伽利略的机械论、笛卡尔的演绎法。这三种哲学对生物学都有重要影响。
这些年生物学新领域的不断涌现，不仅仅是实验技术的革新，和上世纪80年代以来概率论的不断升温也有着密切的关系。
柏拉图的思想是几何学家的思想：一个三角形不论它的三个角是怎样组合的，它总是三角形的形式，因而和四边形或其它任何多边形是不同的（不连续式不同）。就相拉图看来，世间各种变化无常的现象不是别的，仅仅是数量有限的固定不变的形式的反映，这固定不变的形式相拉图称之为eide，中世纪托马斯主义者则称之为本质（essences）。本质是真实的，在世间是重要的；而作为思想，则本质可以不依赖实体而存在。本质论者特别着重恒定不变和不连续这两点。变化或变更被认为是作为基础的本质的不完善显示。这一概念化不仅是托马斯主义者的唯实论的基础，而且也是后来所谓的唯心主义或一直到20世纪的实证主义的基础。Whitehead是一个数学家和神秘主义者的奇怪混合型人物（也许应当称之为毕达哥拉斯学派人物），他曾经说过：“对欧洲哲学传统最保硷的一般描述是，它存在于对柏拉图的一连串注脚（footnotes）之中”。毫无疑问，这话如果是真的，则看来是赞扬而实质上却是贬低。这话真正指的是欧洲哲学经过了这么多世纪一直没有能摆脱柏拉图本质论的窠臼。本质论，连同它对恒定不变，不连续以及典型价值（模式概念，typology）的强调，一直支配着西方世界的思想，以致研究思想意识的历史学家到现在对之还没有充分认识。达尔文是首先反对本质论（至少是部分地反对）的思想家之一。他完全不被同时代的哲学家（他们全是本质论者）所理解，因而他的通过自然选择的进化概念就无从被人接受。按照本质论，真正的变更（变化）只能经由新本质的突然发生而实现。因为达尔文所解释的进化必然是渐进的，所以和本质论是完全不能和谐共存的。
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