TBtools 是一个集合了超多生信处理的小工具,非常方便,而且是无命令行的操作,入门门槛极低。开发者是华南农业大学陈程杰博士,TBtools文章地址:https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/27/289660。最近正好处理基因家族的数据,需要批量处理,但是编程能力又不行,找到了这个工具。下面是我的学习笔记:
1. 从fasta文件提取Gene_ID
TBtools中的fasta stater和fasta table converter工具可以提取ID,但要借助Excel工具。
矩形框中的工具
2. 从fasta文件提取Gene_seq
因为我的基因是不包含转录本的,因为在提取的时候没有匹配到ID号,所以要勾选第二个选项,只要包含就可以。此外,可能最开始需要初始化,建立索引,才能点击start。
Amazing fasta stater
3. 选取最长转录本
在我提取完序列后,我发现存在多个转录本,因此一般我们选择最长的转录本。
fasta longest representative
4. 查看fasta文件的概要信息
可以看到左下角的总的信息概要,序列数等
fasta stater
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