桓玄又任刘牢之为镇东将军，会稽内史，明升暗降，夺去牢之都督诸州军事之职。刘牢之惊道：“始尔，便夺我兵权，祸其至矣！”神色不虞。
使者回报，桓玄大怒，对刘敬宣道：“此次诛除奸党，乃父居功厥伟，我欲其入朝共掌国柄，奈何意甚央央？欲反耶？”
刘敬宣忙躬身施礼道：“丞相息怒，恐使者未达上意，我愿与父说合，欣然领命，共襄盛世。”
桓玄挥了挥手道：“如此甚好，速去速归。”
刘敬宣领命而去。
卞范之闻之，急入内禀道：“纵虎归山，其必不返矣。”
桓玄遣人追之不及。
刘敬宣离京急奔入刘牢之大营，力劝其袭玄，刘牢之犹豫不决，恐众军不服，移屯班渎（今南京北一条运河），大集僚佐，议据江北以讨玄。
刘牢之道：“我欲北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿等能从我去乎？”
刘裕叹了口气道：“当初，将军拥劲卒数万，持朝廷令旨，然遇西军，不得一战，望风降服。今日彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可为恃。”
牢之参军刘袭拍案而起道：“事之不可为者莫大于反。将军往年反王兗州（指王恭），近日反司马郎君（指司马元显），今日又反桓公，一人三反，何以自立！”语毕，甩袖而出，头也不回。
牢之左右闻言，亦多散走。大帐空余刘牢之一人，呆坐当场。
刘裕骑马出营，何无忌打马从后追上，问道：“君欲何往，当投桓公乎？”
刘裕微微一笑道：“二十余年征战，今日可以休矣。我当脱此征衣，还至京口，共享天伦，静观其变。”
何无忌茫然问道：“我将何往？”
刘裕坚定道：“我观镇北（指刘牢之，曾任镇北将军）此次凶多吉少，必为不免，君可随我暂还京口。桓玄若守臣节，当与君共事之；不然，当与君共图之。”
何无忌乃与刘裕并马驰回京口。刘牢之见众叛亲离，心下大惧，使刘敬宣去京口迎接家眷，共赴广陵。
然刘牢之苦等多日，不见刘敬宣至，刘牢之以为事已泄，且班渎与京城近在咫尺，恐为玄所杀，乃率亲近部曲向北急走，至新洲（长江中一沙洲），京口传来消息，说道刘袭已归降桓玄，带兵杀害了刘敬宣等刘氏全家。
刘牢之闻听，登时如五雷轰顶，喃喃自语道：“家人已死，亲旧散逸，我岂独活。”遂寻一僻静之所，自缢而死，一代名将就此陨落。左右救之不及。
尸体尚温，刘敬宣至，原来竟是一场流言，刘敬宣不暇哭泣，对其父拜了三拜，与左右道：“敌骑将至，诸位看在跟随我父多年情分，将其敛葬。事急矣，容后再谢。”说罢即渡江奔广陵。
当初，刘敬宣八岁丧母，昼夜号泣，众人异之。辅国将军桓序镇守芜湖，刘牢之为其参军。刘敬宣见众人拜佛，乃摘下头上金镜为母亲祈福，一想道母亲之爱，又悲不自胜，泣不成声。桓序闻之，叹息良久，对刘牢之说道：“卿此儿今既为家之孝子，他日必为国之忠臣。卿其善养之。”故刘牢之对刘敬宣悉心栽培。孰料今日刘牢之死，敬宣竟不能为之敛葬哭丧，枉为孝子之名，悲夫。
谢安生前曾品评过刘牢之，谓牢之虽为健将，然器识狭小，不宜独任，独任必败。现果如其言。
刘牢之左右将吏共殡敛牢之，将其归葬丹徒。桓玄闻之，令人开棺戮尸，将其斩首，传首建康，并暴尸于市。
北府之人闻之，无不嗟叹，暗恨桓玄。
桓玄此举实为王恭报仇，王恭因刘牢之反叛，故而殒命。桓玄上书朝廷，为王恭平反昭雪。朝廷下诏追赠王恭为侍中、太保，谥号忠简。
桓玄还将当年抓获王恭的湖浦尉与告密者钱强腰斩于市，总算为王恭报仇雪恨，并亲自致祭。
朝廷宣布大赦天下，改元大亨。桓玄让丞相、荆、江、徐三州刺史之职，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，依旧总领朝政，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。另以琅琊王司马德文为太宰。司马休之、刘敬宣、高雅之等人在广陵汇合后，觉势单力薄，商议后便俱奔洛阳，时后秦广陵公姚钦镇守洛阳。诸人各以子弟为质于秦以求救兵。秦王姚兴正欲发兵伐魏，无兵可予，只是与众人符信，任刘敬宣为彭城内史，使其于关东募兵，得数千人，复还屯彭城间。
夏，四月，太尉桓玄将出屯姑孰，问询于众可否，王谧委婉劝道：“《公羊》有言，周公何以不之鲁？欲天下一乎周也。太尉愿靖根本，当以周公旦为心。”桓玄点头称善，实不从之。遂大筑城府，台馆山池莫不壮丽，修筑完毕，乃出镇焉。桓玄既至姑孰，固辞录尚书事一职，诏许之，而大政仍皆谘询桓玄之意，小事则决于桓谦、卞范之。自隆安以来，朝廷内外几经战乱，士人百姓皆厌之。及桓玄初至，黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，才得少安。既而桓玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，淩侮朝廷，且裁损乘舆供奉之具，安帝亦不免饥寒，由是众心失望。
时年三吴大饥，户口减半，会稽人口锐减十之三、四，临海、永嘉百姓饿死殆尽，富室皆衣罗纨，怀金玉，闭门相守饿死。时任会稽内史的王愉上奏朝廷赈灾，桓玄命调拨官仓救济，然粮食不足，官吏贪墨，灾民饿殍枕藉。
八月，太尉桓玄上表朝廷以己平元显之功封豫章公，平殷、杨之功封桂阳公，并本封南郡公如故，朝廷许之。桓玄便以豫章转封其子桓昇，桂阳转封其兄子桓俊。
太尉桓玄借故杀吴兴太守高素、将军竺谦之及谦堂兄竺朗之、参军刘袭并袭弟刘季武，皆刘牢之北府旧将。
刘袭兄冀州刺史刘轨闻变，邀司马休之、刘敬宣、高雅之等共据山阳（今江苏淮安），起兵攻玄。桓玄遣孙无终前来讨伐，刘轨在阵前对孙无终道：“孙兄，你我皆北府旧将，何必相攻，不若共讨桓贼，匡扶王室。”
孙无终哼了一声，道：“朝廷已许我为冀州刺史，看在往日交情，诸君且让城别走，孙某也不为难，不然纵马一战。”
刘敬宣道：“桓玄豺虎心性，君不见孙泰乎？”
孙无终不听，麾军来战，敬宣等人新募之兵，何当北府精锐一击，当即大败。众遂四散。
辅国将军袁虔之、宁朔将军刘寿、冠军将军高长庆、龙骧将军郭恭等皆往刘轨等人处从之。众人将奔魏，至陈留南，听闻魏主拓跋珪杀崔逞，众人皆惊，不敢前往，然意见分歧，乃分为两伙：刘轨、司马休之、刘敬宣等人奔南燕；袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人奔秦。
袁虔之等人来到长安。姚兴在东堂接见众人，问袁虔之等人道：“桓玄名虽晋臣，其实晋贼，其才度比之其父桓温如何？能成大事否？”
袁虔之道：“桓玄籍其世资，雄据荆、楚，乘晋朝失政，遂窃据宰衡。安忍无亲，多忌好杀，位不才授，爵以爱加，无公平之度，不如其父远矣。今既握朝权，必行篡夺，既非命世之才，日后必为他人驱除耳。此天以机便授之陛下，愿速加经略，廓清吴、楚。”
姚兴闻之大悦，以袁虔之为大司农，余皆有拜授。袁虔之坚辞不受，愿效命疆场，姚兴改授其假节、宁南将军、广州刺史。
恰逢此时，晋顺阳太守彭泉以全郡投降后秦，姚兴大喜过望，立遣杨佛嵩率骑五千，与其荆州刺史赵曜前往迎之，遂攻陷晋国南乡、新野、顺阳等十二郡，擒建威将军刘嵩，略地至于梁国而归。后将刘嵩遣还。
刘牢之死后，桓玄虽大杀北府宿将，然此时刘裕名望不显，又以勇武闻名，故桓玄欲用之。时桓玄从兄桓修以抚军之职镇丹徒，遂任刘裕为其中兵参军，其职建武将军、下邳太守如故。
元兴二年(公元403年)春，正月，卢循使其司马徐道覆入寇东阳，桓玄命刘裕率军迎击，斩其大帅张士道，卢循逃归永嘉，刘裕复追破之，卢循在永嘉立足不住，只得率众南逃，刘裕一直追其至晋安（今福建福州），卢循浮海南走至广州，暂且不提。三吴稍安，朝廷下诏加刘裕为彭城内史。徐道覆，卢循之姊夫。
朝廷将太尉桓玄转任大将军，桓玄乘冀州刺史孙无终入朝拜贺之际，伏兵杀之，孙无终临刑前仰天长叹：“悔不听万寿（刘敬宣）之言，今步毛泰之后。”桓玄欲为己立威，上表朝廷请率诸军扫平关、洛，然私下命人让朝廷下诏不许，及朝旨下，桓玄对众大臣道：“我欲北伐，恢复宗庙，奈何朝廷不许。”
众大臣恭维道：“大将军国之重臣，当坐镇中枢，岂可轻身犯险。北伐之事可命一上将前往，大将军运筹帷幄，可收全功。”
桓玄点点头道：“诸卿言之有理，奈何当世无韩信也。”
王謐上前道：“彭城内史刘裕差可拟之。”
桓玄道：“卿可令其入京叙谈。”
王謐拱手称谢。
当初桓玄假装北伐，整备队伍之时，先命人做轻舟，载服玩、书画之类为备。左右惊问其故，桓玄道：“兵凶战危，若有意外，当使轻舟在侧，易走之故。”左右闻之，皆窃笑之。
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