六月十四日，经过群臣多次劝进，刘裕设坛于南郊，即皇帝位。柴燎告天。其策曰： “皇帝臣裕，敢用玄牡，昭告后天后帝。晋帝以卜世告终，历数有归，钦若景运，以命于裕。夫树君宰世，天下为公，德充帝王，乐推攸集。越俶唐、虞，降暨汉、魏，靡不以上哲格文祖，元勋陟帝位，故能大拯黔首，垂训无穷。晋自东迁，四维不振，宰辅凭依，为日已久。难棘隆安，祸成元兴，遂至帝主迁播，宗礼堙灭。裕虽地非齐、晋，众无一旅，仰愤时难，俯悼横流，投袂一援，则皇祀克复。及危而能持，颠而能扶，奸宄具歼，僣伪必灭。诚兴废有期，否终有数。至于大造晋室，拨乱济民，因藉时来，实尸其重。加以殊俗慕义，重译来庭，正朔所暨，咸服声教。至乃三灵垂象，山川告祥，人神协祉，岁月滋著。是以群公卿士，亿兆夷人，佥曰皇灵降鉴于上，晋朝款诚于下，天命不可以久淹，宸极不可以暂旷。遂逼群议，恭兹大礼。猥以寡德，托于兆民之上，虽仰畏天威，略是小节，顾深永怀，祗惧若殒。敬简元辰，升坛受禅，告类上帝，用酬万国之情。克隆天保，永祚于有宋。惟明灵是飨。”
礼毕，谢晦奉上玺绶，刘裕受之，谢晦感慨道：“陛下应天受命，登坛日恨不得谢益寿（其叔谢混小字，死于刘毅党祸。）亲奉玺绶。”刘裕闻之色变，随即亦叹道：“朕亦甚恨之，使后生不得见其风流！”
祭天已毕，刘裕自石头城乘銮驾入建康宫，临太极殿，接受群臣朝贺，众臣山呼万岁，刘裕大喜，皆有封赏，又宣布大赦天下。徐广又悲感流涕，侍中谢晦悄声对他言道：“徐公得无太过乎？”徐广老泪纵横道：“君为宋朝佐命，老身是晋室遗老，悲喜之情，固不可同。君佐命兴王，逢千载嘉运；老身世荷晋德，实眷恋故主。”言毕，更唏嘘不已。
刘裕登基后，改晋元熙二年为大宋永初元年，即封恭帝为零陵王，全食一郡，可用天子旌旗，乘五时副车，封地可行晋正朔，郊祀天地礼乐制度，皆用晋典，上书不为表，答表勿称诏。其优崇之礼，皆仿魏晋禅代故事，迁零陵王居于故秣陵县（南京附近），使冠军将军刘遵考率兵防卫。
刘裕又追封其父刘翘为孝穆皇帝，其生母赵氏为穆皇后，尊其继母萧文寿为皇太后，虽然他自己已年近花甲，且贵为皇帝，然侍母至孝，晨昏定省，未尝有失。追封其妻臧爱亲为敬皇后，立其子刘义符为皇太子。六月十七日，刘裕大封群臣，任其弟刘道怜为太尉，封长沙王。追封其弟刘道规为临川王，以刘道怜子刘义庆袭其爵。封其次子桂阳公刘义真为庐陵王，三子彭城公刘义隆为宜都王，四子刘义康为彭城王。尚书仆射徐羡之加镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，宋国领军檀道济为护军将军，中领军刘义欣为青州刺史。其余功臣，各有封赏。又追封刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县候。
刘裕登基后，日理万机，而无人能助，每至此时，皆叹念刘穆之，对左右言道：“穆之不死，当助我治天下。可谓'人之云亡，邦国殄瘁'（贤人去世，国家危殆。）！”
刘裕上朝后，每遇大事，群臣又争论不休，无人可片言而决，令人信服，刘裕每见此，又暗暗叹息道：“穆之死后，朝臣皆轻我粗鄙无文，一味以力压人，无法以理服人。”
司马德文自逊位后，深虑祸及，故小心谨慎，深居简出，不与外臣交通，零陵王府显得死气沉沉。这一日，褚妃诞下一男婴，阖府上下，一片欢腾，司马德文也喜不自胜。褚灵媛自嫁与司马德文后，生二女，长女海盐公主司马茂英，次女富阳公主司马丰英。此次褚灵媛、司马德文夫妻二人以三十高龄而得子，司马家传承有后，焉能不喜。
刘遵考闻讯后，急报入宫中，刘裕听后，沉思片刻，遂召褚妃兄长太常褚秀之、侍中褚淡之二人入宫。
兄弟二人行跪拜大礼后，刘裕劈头喝道：“自秦汉以降，严戒外戚干政，故有汉武杀钩弋夫人之举，况前朝废后乎？”
二人不明所以，连忙叩头拜谢道：“陛下，我兄弟二人一向忠于大宋，未尝与前朝废后有所勾连，望乞明鉴。”
刘裕冷笑了一声道：“晋有嗣，褚氏与有力焉。”
二人闻言恍然大悟，面面相觑，最后狠下心来，叩头道：“臣等自有理会，必不负陛下所望。”
刘裕哼了一声道：“尔等好自为之。”
这日，褚秀之、褚淡之兄弟二人前来零陵王府拜贺麟儿降生，褚妃闻兄长到来，忙命人迎入后宫，褚妃躺在床上修养，褚秀之坐在床边与妹妹闲话家常，褚淡之从乳母手中抱过婴孩，那婴儿刚吃过奶，正在安睡，褚淡之一边摇着婴孩，一边慢慢踱步至门边，乘人不备，打开房门，道：“屋中好生气闷。”时值隆冬，一阵寒风吹过，那婴儿被风吹醒，顿时哇哇大哭，褚妃大惊，挣扎坐起，大叫道：“哥哥，婴孩尚小，吹不得冷风，快抱回屋中。”褚淡之恍若未闻，仍在逗弄婴儿，道：“无事，老人皆言婴孩脚下三盆火，些须风寒，有甚了得。”褚秀之在旁劝道：“妹妹莫慌，大丈夫不经风雨，何以成人。”褚妃连吼了几声，褚淡之才慢慢回转过来，将婴儿交还给褚妃，那婴孩哭得几欲昏厥。褚妃连忙抱住，不住安慰，眼泪扑簌簌掉了下来。褚氏兄弟见势不妙，慌忙告辞。是夜，那婴儿便发烧如炭，褚妃急忙命太医医治，然婴儿还未满月，身体尚虚，针药无济，太医也束手无策，迁延至半夜，那婴儿竟然一命呜呼，褚妃痛不欲生，司马德文也是悲怆不已。刘裕得知后，为安抚司马德文，令太子刘义符纳零陵王女海盐公主司马茂英为妃。
永初二年九月，刘裕觉自己年事已高，子嗣尚幼，若自己百年之后，有人拥司马德文复位，非唯前功尽弃，刘氏亦必族灭，遂决心斩草除根，以毒酒一瓮授与零陵王旧识，前琅琊王府郎中令张伟，命其鸩杀零陵王。张伟为刘裕心腹湘州刺史张邵之兄。张伟受命后，真是左右为难，行至半路，仰天长叹道：“杀故君不义，违新君不忠，与其鸩君以求生，不如我自死！”乃停车于道，对从人道：“取御酒来。”从人不解，取来刘裕所赐御酒，张伟边饮边叹道：“好酒，好酒。”不一会儿一瓮酒便已见底，张伟大叫道：“快哉，快哉。”七窍流血而亡。
褚妃闻听此事，为保司马德文性命，整日与丈夫共处一室，自煮食于床前，饮食所需，皆出亲手，刘遵考奉刘裕密令，几次欲下手谋害司马德文，终不得其隙，毕竟褚灵媛为太子妃母，公然当其面杀死司马德文，日后恐难见面，故刘遵考回禀刘裕，面露难色。刘裕怒甚，痛责刘遵考无用，不得以又令褚淡之与其兄右卫将军褚叔度前往探视褚妃，褚灵媛初不愿见其二人，褚叔度对褚妃宫女道：“我兄弟特来请罪，务必请王妃出来一见，否则今日誓不离此地。”宫女回报，褚妃无法，出就别室相见。褚淡之一见褚妃便跪倒磕头，道：“兄长特来给妹妹请罪。”褚妃转身形避让，淡然道：“兄长何罪之有？”褚叔度在旁劝解道：“还请妹妹恕罪，淡之也是无心之失。”褚灵媛道：“有心无心，公道自在人心。”褚淡之又是叩头，痛哭流涕道：“妹妹，兄长若有害人之心，日后不得好死。”褚妃仍是不与理睬，褚叔度便在一旁劝解。
趁此兄妹三人在旁室谈话之际，刘遵考率护卫逾墙而进，直入寝殿，司马德文见他来势汹汹，有些害怕，问道：“刘将军，匆匆而来，所为何事？”刘遵考躬身呈上药酒，道：“奉诏请王升天。”司马德文不肯接过鸩酒，问道：“孤已禅位于宋，奈何杀之?当初魏禅位于晋，晋封其主为陈留王，享国至今，为何宋不容晋？”
刘遵考恐褚灵媛归来，急道：“属下也是奉命行事，王请饮之，否则恕臣无礼了。”说罢，踏前一步，一手托药，一手按剑，怒目而视。司马德文仍是不肯饮，推脱道：“佛教有云，自杀者不复得人身。孤礼佛甚敬，不可自死。”刘遵考不再与他纠缠，一使眼色，手下兵士，一拥而上，以被掩杀之，时年三十六岁。
褚灵媛与兄弟谈了半日，终究心软，原宥了褚淡之，待回到寝宫，见司马德文闷头大睡，有些奇怪，走至近前，掀起被褥，却见司马德文脸色蜡黄，直挺挺躺在床上，吓了一跳，急探鼻息，却是半点也无，褚灵媛不由得抚尸大哭。
刘裕闻司马德文死讯，辍朝三日，高搭灵棚，率百官亲往祭奠，谥其为恭皇帝，葬冲平陵。
褚秀之、褚淡之兄弟在三年后同月死于背痈。
褚灵媛死于元嘉十三年(公元436年)，时年五十三岁，后与司马德文合葬于冲平陵，谥号“恭思皇后”。
永初三年（公元422年），刘裕以前冀州刺史王仲德为徐州刺史，以尚书令、扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，以太子詹事傅亮为尚书仆射，以中领军谢晦为领军将军，以辅国将军毛德祖为司州刺史，欲北伐魏国。
刘裕自即位后，抑制豪强，整顿吏治，重用寒门，轻徭薄赋，亲问疾苦，故境内大治，国富民强，四夷宾服，遂封仇池杨盛为车骑大将军，西凉李歆进号征西将军，西秦乞佛炽盘为安西大将军，高句丽王高琏为征东大将军，百济王余映为镇东大将军。刘裕自思年事已高，若有生之年不能驱除胡虏，收复关中、河北之地，则必为后辈儿孙大患，遂不顾自身已届花甲之年，大集僚佐，计议伐魏。此刻刘裕武功人望已至巅峰，故群臣无一人敢出言劝阻，唯诺诺而已。
徐羡之留守京师，筹措粮草，这一日，刘裕忽然想起一事，要与徐羡之商议，而刘裕性尤简易，故未穿衮服，著青衣小帽，踏连齿木履，便步出西掖门，左右从者不过十余人。车驾仪仗不及准备，只得络绎追随，时徐羡之住西州门外，及侍卫仪仗追及，已出西明门矣。
刘裕来至徐府，徐羡之大惊，连忙出迎，跪倒叩头，刘裕心情甚好，摆摆手道：“宗文（徐羡之字），朕今日未着公服，亦不在朝，你我旧识，便以家人礼待之。”徐羡之连忙叩头道：“臣岂敢。”话虽如此，心下却放松不少。
徐羡之命人摆上酒宴，侍立一旁，刘裕招呼其坐下，二人饮酒闲谈。刘裕问徐羡之北伐军用之资准备如何，徐羡之道：“万事皆备，只待陛下一声令下，便可北上扫清胡氛，复我旧疆。”刘裕点点头，又闲聊了一会儿。徐羡之多饮了几杯，忍不住劝道：“此次北伐，陛下仍旧亲提大军，北上河洛乎？”
刘裕道：“魏骑强劲，朕不亲往，难以激励三军，恐劳师无功，为北虏所轻，成国家大患矣。”徐羡之道：“陛下亲率三军北上，太子当留守建康监国。”刘裕道：“那是自然。”徐羡之犹豫半晌道：“太子多狎群小，恐难荷重任。肺腑之言，恕臣无礼。”刘裕感激道：“你我多年老友，朕岂能怪罪，兹事体大，容朕思之。”
刘裕离开徐府后，仍是安步当车，徐徐步行，一路思索徐羡之所说，仪仗护卫不敢打扰，于后跟随，时值三月，春寒料峭，刘裕所着青衣甚为单薄，又有些微醺出汗，待走回皇宫，受了风寒，就此病倒。太尉长沙王刘道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济并入宫侍奉医药。群臣请往蒋侯庙祈祷龙体康复，刘裕苦笑道：“彼为侯，朕为帝，安有以上祈下乎？”遂不许，唯使侍中谢方明以其疾告诉宗庙而已。
北伐之举遂止，刘裕命檀道济出为镇北将军、南兖州刺史，镇广陵，悉监淮南诸军，以备魏国南下。刘裕又密召谢晦来至病榻前，将徐羡之所言据实以告，问其想法，谢晦道：“陛下春秋既高，大宋宜思存万世，神器至重，不可使负荷非才。”刘裕点点头，道：“然则庐陵王（刘义真）何如？”谢晦道：“庐陵王有长安之败，死伤甚众，恐难以服众。”刘裕道：“大丈夫不经一败，难以成人。”谢晦叩首道：“陛下既如此说，臣请一观。”谢晦遂造访庐陵王刘义真，刘义真知谢晦为刘裕心腹，虽不知其来意，亦必身负殊命，故盛情款待。
刘义真生得仪貌甚美，神情秀彻。又聪明爱文，向与太子左卫率谢灵运、太子舍人颜延之、慧琳和尚等交游亲密，故一道请来作陪。酒席宴上，刘义真请谢灵运吟诗助兴。
谢灵运为名将谢玄之孙，袭其爵为康乐公，宋代晋后，降封康乐侯，故心有不满，其人自少时便博览群书，尤工诗文，与颜延之齐名，时称颜谢，为谢晦族兄。
谢灵运微一沉吟，道：“在下前日偶得一作，试为吟之，以助雅兴。”他清清嗓子，慢慢吟道：“潜虬媚幽姿，飞鸿响远音。薄霄愧云浮，栖川怍渊沈。进德智所拙，退耕力不任。狥（xún）禄反穷海，卧痾对空林。衾枕昧节候，褰开暂窥临。倾耳聆波澜，举目眺岖嵚（qūqīn）。初景革绪风，新阳改故阴。池塘生春草，园柳变鸣禽。祁祁伤豳（bīn）歌，萋萋感楚吟。索居易永久，离群难处心。持操岂独古，无闷征在今。”
谢灵运刚一吟完，颜延之便叹道：“君真旷世奇才也。我自愧不如。尤其池塘生春草，园柳变鸣禽一句，浑然天成，妙手偶得，真乃千古名句，虽曹子建（曹植）复生，亦不能为之。”
谢灵运微微一笑，道：“延年（颜延之字）过誉了，君之诗文，冠绝一时，试为一吟，先听为快。”
颜延之低头沉思片刻，道：“比年从征关洛，曾作诗一首，今日吟之，以博众君子一笑。”说罢，缓缓吟道：“渺默轨路长，憔悴征戍勤。昔迈先徂（cú）师，今来后归军。振策眷东路，倾侧不及群。息徒顾将夕，极望梁陈分。故国多乔木，空城凝寒云。丘陇填郛郭，铭志灭无文。木石扃（jiōng）幽闼，黍苗延高坟。惟彼雍门子，吁嗟孟尝君。愚贱同湮灭，尊贵谁独闻。何为久游客，忧念坐自殷。”颜延之吟罢，刘义真抚掌大笑道：“卿真乃宰相之才也，忧国忧民之心，跃然而出。故国多乔木，空城凝寒云一句苍凉豪迈，恐魏武不如。”颜延之拜谢道：“庐陵王过誉了，延之愧不敢当。”刘义真转过头问谢晦道：“谢领军以为如何？”谢晦拈须微笑道：“铺锦列绣，雕绘满眼。”慧琳双手合十道：“善哉，善哉，想必谢领军精研佛法，一语道破，直指人心，颇有佛门顿悟妙谛。”谢晦也合十还礼道：“上人过誉了，谢某一凡夫俗子，岂能领悟高深佛法，改日必向大师请教。”宾主又把酒言欢一番，至暮方散。
次日谢晦入宫，向刘裕回禀道：“庐陵王德轻于才，恐非人主也。”刘裕哦了一声，道：“卿何以见得？”谢晦道：“谢灵运与颜延之俱为太子属官，却与庐陵王过从甚密，而庐陵王亦不避嫌，却道他日得志时，任其二人为宰相，以慧琳和尚为西豫州都督，全无上下尊卑之礼，兄弟孝悌之情，以臣观之，非人主之望也。”
刘裕叹了口气，不再言语。待谢晦走后，急招刘义真入宫，查问其与谢、颜等人交往之事，刘义真有些委屈道：“儿臣亦知灵运空疏，延之隘薄，魏文帝曾云此类文人鲜能以名节自立者。但儿臣性情所得，与其人谈诗论文，相交甚欢，不觉世间烦恼，故与之交游耳。”
刘裕长叹一声道：“竖子无谋，他日必为所累。”未几日，便令刘义真为都督南豫、豫、雍、司、秦、并六州诸军事、车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史，出镇历阳（今安徽和县），此后，换太子之举遂废。
五月，刘裕疾甚，急召太子刘义符入宫，看着太子那青春年少，不谙世事的模样，实在放不下心，将这一大好河山就此交出，故执其手，使出平生最后一点力气，谆谆诫之道：“车兵（刘义符小字），你且听真，朕去也。偌大江山交与你手，你要好自为之。”刘义符眼含热泪，望着父亲，连连点头。刘裕又道：“朕留四人为你辅弼，你当知人善任。檀道济虽有干略，而无远志，非如其兄檀韶有难御之气也，外事可一以委之。徐羡之、傅亮，为首义旧交，当无异图。谢晦数从征伐，颇识机变，若朝中有变，必出此人，当小心为上。切记，切记。”刘义符含泪答应道：“儿臣谨记父皇教诲。”
刘裕又把徐羡之等四人叫入，任为顾命大臣，辅佐幼主，最后颤巍巍写下一道手诏：“后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不得临朝。”司空徐羡之、中书令傅亮、领军将军谢晦、镇北将军檀道济含泪叩头领命。五月二十一日，一代雄主宋武帝刘裕崩于西殿，享年六十岁。 太子刘义符即皇帝位，年十七，大赦天下，尊其母张阙为皇太后，皇太后萧文寿为太皇太后，立妃司马茂英为皇后。
未及一月，刘裕弟长沙王刘道怜亦去世，追随其兄去了。
秋，七月初八，葬武皇帝刘裕于初宁陵，庙号高祖。
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