在苏俄的撮合下，历时3个月艰苦谈判，在1946年1月上旬国民政府与三区代表签署了《和平条款》，结束了双方的军事对峙。
张治中对《和平协议》的签署感到高兴，对协议的后续执行充满期待。但时任新疆省主席吴忠信对《和平条款》非常不满，认为张治中作出太多政治让步，所换取的只是三区当局承认自己是“中国人”的宣示。吴忠信认定伊宁事变并不涉及民族问题，只是苏联势力涉入、操纵的结果，这一认知显然不足以应对新疆民族主义大潮下日趋复杂的变局。1946年3月1日，吴忠信以赴重庆参加会议为由离开新疆，会议结束后也未返新。
1946年3月，国民党召开六届二中全会，张治中在会上作了关于新疆问题的报告。他首先把谈判的经过作了介绍，然后说明在谈判中始终掌握的两大原则：一、坚持三民主义和扶助弱小民族之精神；二、不损害国家统一和主权。
张治中认为，新疆问题是民族问题和外交问题交织而成的一幅画面。新疆人民在历史上备受统治者高压。而高压的结果，必然引起人民的反抗。要想解决新疆问题，就要给新疆人民实际权利，除国防、外交、币制、交通和司法五项由中央统一办理外，其他一切均可扶植各族人民自己来办理。同时，他还纠正了一些人认为“新疆民族落后”的看法，他说：
维、哈、回、柯诸族人民身材俊秀，健康活泼，能歌善舞，极重清洁卫生，为汉人所不及，他们是中华民族的优秀分子。
张治中的报告博得与会者一阵热烈的掌声。
4月1 日，蒋介石便任命张治中为国民政府主席西北行营主任（直辖甘、宁、青、新）兼新疆省政府主席。
蒋介石批准《和平条款》，任命张治中任新疆省主席，透露出不同寻常的讯息，国民政府拟尝试一条解决民族问题的新道路。
孙中山先生以来的历届国民政府，将实现超民族的广泛的国民整合设定为一个重要的政治目标，尽管具体方式各自不同，基本方向都是朝着实现‘一个民族、一个国家’，即建设一个与国家等身大的民族。
蒋介石领导的国民政府提倡“国族”理论及民族同化思想，宣传中华民族一体，为此衍伸出宗族理论，将不同族群称为宗族，融合众多宗族为一个国族。国民政府构建国族不遗余力，对中国从传统国家形态向现代国家的转型起到了积极作用，因为现代国家首先是民族--国家（Nation-State），没有国族就没有国家。构建国族使得中华民族观念深入人心，在避免国家分裂、抵抗外侮中发挥了重大作用。
推广配合国族提出的宗族理论是国民政府民族政策的重点，在具体实践中，不同地区收到的效果并不一样。
在云南、广西、四川等国民政府统治力量强大的地区，在政府的强力推动和宣传下，民众逐渐接受宗族观念，如苗汉是兄弟宗族关系。但在内蒙等地区，国族、宗族观念并未彻底贯彻，宣传价值多于实际实践，相反，在外蒙、内蒙等地本土族群民族化，去中国化的步伐从未停止过。
出现这种状况是由于早期的军阀割据，后来的日本侵略，国民政府只是名义上的统一，整个中国社会处于动荡解体状态，在此情况下难以进行国家整合。加之国民政府以政治利益为出发点，提出的宗族观念理论基础薄弱，忽视非汉族群传统文化，从文化界到非汉族群均有不同之声，傅斯年、顾喆刚等人宣称“中华民族是一个”，吴文藻、费孝通等则不同意中国只有一个民族—中华民族，认为中国境内有多个民族，而不是宗族。加上日本、苏联等外部势力不断灌输“民族”观念、诱导边疆族群独立建国，“回回国”、“大元国”不断抛出，极大消弱了国民政府的努力。
第二次世界大战结束，以美苏为首的同盟国获胜，美国和苏联狭战胜余威，扩张势力范围。按照“民族-国家”理论，在世界各地扶持亲己政权成为一个重要手段。
新疆毗邻苏联，国境线与苏联犬牙交错，维吾尔、哈萨克都是跨境民族，苏联利用这些便利，扶持建立“东突厥斯坦共和国”，准备将重庆国民政府从新疆赶出去，建立一个亲苏联的本土民族政治实体和政府机构。
“伊宁事变”后，传统派吴忠信主张的军事镇压失败，重庆国民政府被迫重新审视民族问题，于是对民族政策做出修正，将促进边疆非汉人权益，当作处理迫在眉睫的族群冲突与国家分裂危机的新处方。
张治中代表国民政府与伊宁事变代表签订和平协议，说明国民政府决定改变了中国传统的治边政策，尝试运用现代西方“民主”政治模式，向新疆本土族群作出重大政治让步，有意扩大本土族群的政治参与和政治权利，以换取其承认中国对新疆全境的主权。
时至今日，从国家到个人已经形成了对民主的普遍共识，民主就是“那种为作出政治决定而实行的制度安排，在这种安排中，某些人通过争取人民选票取得做决定的权力”。公民能否自由、公平地参与选举，以及政府是否由竞争性的选举产生，是判断一个国家民主制的重要标志。
根据和平条款的规定，新疆全省各县都要民主选举进行县参议员和县长。民众普选产生县参议员，由县参议员选举县长，这是典型西方民主制中的代议制度。
代议制度，也称议会制度，其基本含义是“代表议事制度”，即通过以选举方式产生的“公意代表”，代表人民行使同家权力。简而言之，就是选民投票产生议会、议会投票选举政府领导人，政府对议会负责。这种政治制度以公民在法律上、形式上的平等和自由选举为基础，遵循人民主权、多数人统治、对权力实行分权和制约等原则。议会一般拥有立法权、通过国家预算权和监督政府等权力。代议制是西方式民主的重要一种， 于17、18世纪在西方国家发展起来，二次世界大战同盟国英国、法国、美国资本主义国家等普遍实行代议制度。
张治中希望透过缩减传统专制体制的影响，建构西方式的民主政治体制，扩大本土族群的政治参与，擘画“民主新疆”，一劳永逸地解决新疆问题。（未完待续）
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