在张治中的力导下，国民政府改弦易辙，意欲在新疆实施西方式的议政方式解决民族问题，要实现“民主新疆”目标，张治中还得解决一个棘手的问题，那就是与伊方达成协议，改编三区暴动武装“民族人民军”。
1 改编暴动武装
1946年4月7日，张治中结束了重庆的会议，飞赴迪化，与三区代表在迪化开始了第二阶段谈判。
根据“东突厥斯坦共和国”民族军司令部干部处处长玉素甫汗·昆拜的记录，“全军（民族人民军）共有29650人，战士中60%为哈萨克人”。《三区革命武装力量简述》中提到：“作战期间，由苏联而来的俄罗斯族、哈萨克族、柯尔克孜族、塔塔尔族军官是三区革命军军事技术的传播者。”。
三区代表要求编10个骑兵团，3个步兵团，共13个团，分驻伊宁、塔城、阿山、喀什、阿克苏、库车、焉耆、迪化等八个专区。这与国民党原拟2个骑兵团、3个保安大队之数相距远，且驻区也超出暴动组织控制的伊宁、塔城、阿山三区以外，想要通过谈判将暴动部队扩张到国民党控制的其他区域，简直无法商谈下去，一时陷入僵局。后经苏联驻迪化总领事叶谢也夫和新到任的总领事萨维列也夫的斡旋，才又重新会谈。
第二阶段谈判历时两个月，其间枝节丛生，波澜迭起，争执相当激烈，基至一字一词都有质疑，如对三区部队改编为国军后“听候调遣”一词，三区代表据不接受。三区代表主张在三区的“部队指挥官”之前加上“民族”一词，张则主张应加“新编”一词，争执结果，双方同意全部删去，直称“伊塔阿三区部队指挥官”。这类事很多，中间又通过翻译转述，每次讨论起来都在六小时以上。
最后还是在苏联新任驻迪化总领事萨维列夫的调停下，起草了定《和平条款》附文二草案。
6月6日，双方代表正式签字。附文二主要内容有：三区民族人民军编成骑兵3个团、步兵3 个团，总人教以11000名至12000名为限。此6个团中，2个骑兵团、1个步兵团为国军，2个步兵团、1个骑兵团为本省保安部队。部队指挥官由伊宁政权指定，兼任新疆省保安副司令。军队驻地不变，为伊犁、塔城、阿山三区，负责维持地方治安。边防守卫由中央部队负责。
从协议看，双方只是以条约的形式将对峙武装的地盘固定下来，最核心的军队指挥权还是没有统一，换言之，如果在协议的执行中，任何一方有不爽的地方，均有撕毁协议的底气和实力。虽然如此，《和平协议》附文二还是签署了，双方又向前走了一大步。
签字当天，“东突厥斯坦共和国”主席兼大元帅艾力汗•吐烈被苏联驻伊宁领事馆扣押，押送往阿拉木图软禁，直至1976年病死。
很快，南疆喀什、阿克苏地区的民族军游击队员返回伊犁，伊宁政权结束了全部军事行动。
至此，《和平条款》及两个附文全部敲定，就像一场马拉松比赛，张治中和伊宁方面敲定了比赛规则，下面就可以正式开跑了，向“西式民主治疆”的终点开跑。
2 成立联合政府
万事开头难，开头最重要的事情就是改组现有的新疆省政府，成立有各方代表参加的联合政府。
1946年7月1日，上万人在迪化省府新大楼前面的广场上集会，庆祝新疆全境实现和平及省联合政府的成立，省府主席由张治中兼任，两名副主席包尔汉和阿合买提江都是维吾尔族。
在这个隆重的由各族群参加的大会上，省府委员同时宣誓就职。南京国民政府（1946年5月国民政府由陪都重庆还都南京）还派监察院院长于右任飞到乌鲁木齐监誓。
联合政府的组成人员为：
主席：张治中，西北行辕主任兼任；
副主席：阿合买提江（维吾尔族）
副主席：包尔汉（维吾尔族）；
秘书长：刘孟纯，西北行辕秘书长兼；
副秘书长：阿巴索夫（维吾尔族）
副秘书长：萨力士（哈萨克族）
财政厅长：卢郁文
财政厅副厅长：马延骧
民政厅长：王曾善
民政厅副厅长：赖希木江（维吾尔族）
建设厅长：穆罕默德•伊敏，（维吾尔族）
建设厅副厅长：顾谦吉
教育厅：赛福鼎（维吾尔族）
教育厅副厅长：蔡宗贤
社会处长：赵剑峰
社会处副处长：尔德尼（蒙古族）
卫生处长：达列里汗（哈萨克族）
此外，委员还有屈武（兼迪化市长）、伊力汗吐拉（维吾尔族，兼伊犁专员）、乌斯满（哈萨克族，兼阿山专员）、阿不都克日木汗•买合苏木（维吾尔族，兼喀什专员）、伊斯哈克拜克（柯尔克孜族，兼全省保安副司令）、艾沙（维吾尔族）、钟隶华（锡伯族）、管泽良（未到任）。
在上述25名省府委员中，不难看出本地各族人士占绝对多数，其中伊宁、塔城、阿山三区推荐的委员8名（原协议6名，后协议8名），占到近三分之一；迪化、焉耆、哈密、阿克苏、莎车、和阗7个区推荐的委员8名，中央指派的9名。就民族成分而言，维吾尔族9名，汉族8名，哈萨克族3名，回族2名，蒙古、柯尔克孜、锡伯族各1名。这25名委员中，仅张治中、刘孟纯、屈武、王曾善、卢郁文5人是从内地去的，其余都是当地人。这种组合的新的省政权机构，彻底改变了新疆历史上的省府人事局面，是一个创新。
也不难看出省府内有三股势力，一是苏联势力，伊宁政权派出了阿合买提江等人到省政府任职省府副主席，受社会主义苏联控制，二是国民政府派出人选，张治中任省府主席，主持新疆党政大局，力图建设三民主义的新新疆；三是新疆本土有威望的民族人士，如包尔汉、伊敏等人，这些本土的民族人士有些倾向社会主义、有些倾向泛伊斯兰主义、泛突厥主义。
在庆祝省联合政府成立的大会上，张治中、阿合买提江和包尔汉先后讲话，都强调了四百万各族民众的团结，号召军民一致努力实现施政纲领，保障全省和平，维护国家统一，实行民主政治，加强民族团结，增进中苏亲善。张治中讲道：
“本人今天站在省府主席立场，可以郑重向大家提出保证，就是：我一定以全省人民的公仆地位来忠实地为全省人民服务。今后如何解决人民痛苦，如何增进幸福，无不竭智尽忠，悉力以赴。大家说过去人民都是在动乱中恐怖中生活，动辄得咎，朝不保夕，我们今后要使得每一个人都可以过着平安的、愉快的、安居乐业的生活。”
张治中认为能把不同民族、不同地区、不同政治倾向和通过民主方式产生的包括激进、保守和中间分子在内的，各有一定代表性的人物，结为一体，共同负责，定可以加强民族团结，可以建设一个新新疆。
在南疆聘用公务人员时，张治中甚至实行汉人与非汉人分别占30%和70%的比例；中央行政、立法机构中也为新疆非汉民族人士保留了相当比例的职缺。张治中说：“汉人仅占新疆人口的5%，为什么不能把政治权力移交给占人口95%的维吾尔人和其它民族呢？”
3 出台施政纲领
省联合政府成立后，张治中与新疆省府秘书长刘孟纯、民政厅长王曾善、迪化市长屈武、外交特派员刘泽荣共同拟定了《新疆省政府施政纲领》（简称《施政纲领》）。
1946年7月18日，新疆联合省政府第二次委员会议通过“施政纲领”，分政治、民族、外交、经济、财政、交通、教育、文化、卫生共9章，共86条。
从内容看，《施政纲领》基本是《和平条款》的具体化，将政治改革放到了最重要的位置，第一章政治11条，不仅将《和平条款》中的政治条文逐条细化，并将严禁官员贪污渎职及违反人民利益，准许人民检举官吏，严禁赌博毒品列入政治条文。
在“施政纲领”通过之时，副主席阿合买提江说“施政纲领”的执行，也就是和平条款的实行，其目的在把新疆变为乐园，他希望并要求各委员切切实实地来执行“施政纲领”。
另一位副主席包尔汉将“施政纲领”看成对新疆历年所患病态而实施的一种药剂，全体委员必须诚心诚意彻始彻终，把这个“施政纲领”不折不扣地付诸实现，逐步推行，“以副人民殷殷望治之心”。
省政府主席张治中作总结发言，他怀着个人良好愿望，呼吁将来无论遭到何种困难，必须要使它百分之百地做到。（未完待续）
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