一、 基本介绍
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因组浏览器。支持BAM、SAM、GOBY、VCF、PSL、BED、TDF等格式。
目前支持的格式包括：
- 序列比对：bam、cram
- 基因组注释：bed、gtf、gff3、psl、bigbed
- 信号数据：wig、bedgraph、bigwig、tdf
- 拷贝数：seg
二、 使用方法
(1) 安装IGV
安装IGV注意事项：不要安装在有空格的文件夹下；IGV需要java，可以先安装java在默认位置，然后安装IGV。
(2) 导入文件
- 导入参考基因组fa文件（Genomes -> Load Genomes From Files），一定要是fa文件。可能需要索引：samtools faidx input.fa。
- 导入gtf注释（Tools -> Run igvtools -> commond=sort, input file=gtf, Run ->> File -> Load from file ->> GO-index）。
- 导入bam或bw文件（File -> Load from File），bam一定要sort，同时在bam文件所在的目录下一定要有bam文件对应的.bai索引文件。
- 选择感兴趣的染色体，或者输入感兴趣的基因组位置（格式：染色体:起始位置-终止位置）。
- 修改显示格式。在测序深度区域或者read覆盖区域单击右键，会弹出一个下拉菜单。右键单击选择Save image。
(3) 查看BAM文件
载入bam文件后会产生3个相关的tracks，一般情况下，前两个tracks会自动出现。这些设置可以通过右键进行修改。
- Alignment track：显示每个的reads的比对情况。
- Coverage track：显示覆盖率和测序深度。
- Splice Junction Track：提供一个可选的横跨剪切位点（spanning splice junctions）的reads视图。
※ Coverage Track：默认情况下，IGV能动态计算和显示比对文件的覆盖率和测序深度。当IGV窗口放大到reads 可视化阈值大小（默认为30KB）时，这个track会以灰色条形图显示每个位点的测序深度。如果某核苷酸与参考序列不同（超过20% reads）时，IGV会标出不同的颜色。A→绿色；C→蓝色；G→橙色；T→红色。将鼠标悬停在你需要查看的位点处可以看到详细的信息，右键可以复制。
※ Alignment Track：当IGV窗口放大到30KB（默认）时，就会显示出各个reads的情况。当窗口放大到一定程度时，IGV的窗口中心会出现一条线，再继续放大，中心线会变为两条，刚好可以框住一个碱基。IGV使用reads透明度来表示其质量。灰色表示和参考基因能比对上的reads。注意：那些透明或者白色的reads有着亮灰色边框的其比对质量（MQ）为0。
※ 结构变异（Structural Variants）：IGV使用颜色和其他的标记来显示变异，如SNP、SV、aneuploidy。紫色（I）：插入，鼠标悬空在此处能显示插入的碱基信息。黑色横线（-）：缺失。
可通过 View >>Preferences >>Alignments 面板设置相关参数。默认情况下 Track Alignments 区以紧凑的单个 reads 的形式展示，通过 View as pairs 可成对显示，且中间以细线连接。Sort alignments by 可对Track区域进行排序，如想返回最初结果则选择 Re-pack alignments 即可。
(3) 查看BW和Bedgraph文件
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