在终端下调用IGV进行截图

作者: xuzhougeng | 来源:发表于2019-12-17 13:05 被阅读0次

    安装指南

    保证你的服务器已安装如下软件

    • Python2.7+ 或Python3+
    • bash
    • IGV
    • Xvfb
    • xdpyinfo
    • Java

    之后从GitHub上克隆该项目

    git clone https://github.com/stevekm/IGV-snapshot-automator.git
    cd IGV-snapshot-automator/bin
    ./get_IGV.sh # 下载2.3.81的IGV
    

    使用测试数据集检查安装状态

    python make_IGV_snapshots.py test_data/test_alignments.bam test_data/test_alignments2.bam
    

    最后你会在当前目录下看到一个IGV_Snapshot文件夹目录,说明脚本运行成功。

    参数用法

    该脚本的主要目的就是截图,因此参数比较简单,原则上只需要提供.bam/.bigwig文件即可。但实际上还有一个非常重要的参数是-g, 因为默认是hg19, 实际上我们会有自己的参考基因组版本。

    其他可选参数为

    • -r: 输入为bed文件,用于定义截图区域
    • -g: 参考基因组,默认是hg19。
    • -ht: IGV track的高度
    • -o: 输出文件夹
    • -bin: IGV.jar文件路径。脚本中使用的是bin/IGV_2.3.81/igv.jar。最好是在命令行中写死。
    • -mem: 分配内存
    • -nosnap: 不需要截图,保存脚本即可
    • -suffix: 输出文件名的前缀
    • -nf4: Name filed 4模式
    • -onlysnap: 提供自己编写的batchscript脚本
    • -s: 根据正向/反向链进行截图

    举个例子,对拟南芥基因组进行截图

    python /opt/biosoft/IGV-snapshot-automator/make_IGV_snapshots.py -g /data/reference/genome/TAIR10/Athaliana.fa  -r test.bed ath1.bam
    

    当然作者提供的参数比较少,如果对截图有个性化的需求,可以参考IGV控制命令编写自己的脚本进行。

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