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研究所的学术领头人、诺贝尔物理奖获得者盖尔曼提及圣菲研究所的研究宗旨：“现代科学的一个重大挑战是沿着阶梯从基本粒子物理学和宇宙学到复杂系统领域，探索兼具简单性与复杂性、规律性与随机性、有序与无序的混合性事件。"
一大类系统都是由一系列具有适应性的个体组成的，他把这类系统叫做复杂适应系统，复杂适应系统CAS是系统科学研究最前沿的科学，也是是现代系统科学的继续和发展。系统科学发展的三个阶段：
第一阶段：以工程系统为主
代表人物：维纳，冯·诺伊曼，香农背景：机器
主要思想：信息和反馈
主要工具：早期的控制论和运筹学
管理模式：集中控制
系统元素：死的、被动的、没有自身利益和目标的对象
第二阶段：以热力学系统为主
代表人物：普里高津，哈肯背景：热力学系统，激光等
主要思想：涨落，自组织
主要工具：概率统计方法
管理模式：间接控制，场，环境
系统元素：具有随机的运动方式，其本身仍然是无意识的，死的
第三阶段：以生物和经济系统
主要代表人物：Holland
背景：生物和经济系统
主要思想：适应和学习
主要工具：计算机模拟，遗传算法
管理模式：机制设计，委托代理
系统元素：活的、主动的、具有自身利益和目标，能够积累经验和学习
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CAS理论的7个基本点：
1）聚集
2）非线性
3）流
4）多样性
5）标识
6）内部模型
7）积木块
复杂适应系统模型可以看做是以内部模型为积木，通过标志进行聚集等相互作用并层层涌现出来的动态系统。
与复杂适应系统思考问题的独特思路相对应，复杂适应系统研究问题的方法与传统的方法也有不同之处。复杂适应系统建模方法的核心是通过在局部细节模型与全局模型（整体行为、突现现象）间的循环反馈和校正，来研究局部细节变化如何突现出整体的全局行为。它体现了一种自底向上的建模思想。
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我们每时每刻都处在并能看到许许多多的复杂系统，如生态、人际关系网、神经网络、人体免疫系统、计算机网络和全球经济系统。所有这些系统中，众多独立的智能体在许多方面进行着相互作用。
每一个人做为一个独立的个体，如何才能更好的适应这个社会是我们必须思考的问题。有时候不是你需要强大，而是对手强大了，你必须强大，不然就要被淘汰。于是每一个人都必须不断的学习和进化来适应这个世界。因为这个世界是复杂适应性系统。
人类社会是分层的，聚集的，多样性、标签化、非线性发展的，每个人都拥有适应这个世界的内部模型、智慧的积累是积木式的。只有通过跨学科的学习，学习重要学科的重要逻辑模型，才能应对复杂性，才能从单学科的“管窥思维”上升为全学科的“上帝视角"。
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