2021-07-04 RNA m6A修饰位点鉴定新策略-2

  今天继续介绍不一样的m6A修饰稳定鉴定方法——一种基于RNA核酸内切酶MazF对ACA与m6A修饰的ACA的切割活性差异的策略——MAZTER-seq 与m6A-REF-seq。

m6A修饰的ACA序列对MazF耐受

  MazF是一种RNA核酸内切酶，源自E. coli 毒素-抗毒素系统中的毒素蛋白，能特异性切断单链RNA中ACA序列5’末端的核酸内切酶，不能切断双链RNA、双链DNA及单链DNA。但是对于ACA基序中第一个A出现m6A修饰时，MazF无法进行切割，基于这样的特性，结合m6A修饰位点常发生在GGAC这样的基序中，研究者开发了MAZTER-seq 与m6A-REF-seq，通过确定切割位点即可用于进行全转录组m6A修饰位点的鉴定。

MAZTER-seq

Reference

1. Garcia-Campos, M. A. et al. Deciphering the "m(6)A Code" via Antibody-Independent Quantitative Profiling. Cell 178, 731-747 e716 (2019).
2. Zhang, Z. et al. Single-base mapping of m(6)A by an antibody-independent method. Science advances 5, eaax0250 (2019).