在近代时期，国人称日本人为“小日本”。这除了两国在近代历史上的恩怨以及国土面积的差异外，日本人身材矮小也是一个重要原因。不少经历过抗战的老人都曾回忆，日本兵的身高普遍较矮，很少超过160cm的。其实早在大航海时代，一些来到日本的西方传教士谈到日本骑兵就指出“一群骑着狗打架的孩子”！而同期来华的耶稣会士，却没有关于中国人个子矮的记录。由此可见，那个时期日本人确实比中国人矮不少。而有些历史学家通过考证，发现日本战国时期一些风云人物的身高“令人堪忧”。比如根据盔甲判断，有“吕布”称号的本多忠胜身高才140cm，这实在与玉树临风的奉先差异甚大。而德川家康（156cm）、丰臣秀吉（140-150cm）、真田幸村（150-160cm）等等都与其“伟大”形象格格不入。而织田信长（165-170cm）、斋藤义龙（178cm）在当时已经算是“巨人”级别了。贵族身高尚且如此，平民估计也差不多。比如古代日本民歌《拉网小调》中就有“五尺的男子汉呀志气高呀胆量壮，乘风破浪向海洋向海洋”。古代日本尺大约在30厘米左右，五尺男儿身高大概就在150cm上下。人的身高除了遗传因素外，跟日常的营养有很大关系。古代日本人的饮食结构存在严重失衡，因为他们缺乏蛋白质的摄入，这是与他们不吃肉的风俗息息相关的。原始日本人原来也是吃肉的，只是由于佛教的传入，才改变了其膳食结构。
从佛教教义看，虽然反对杀生，但并不禁止肉食，僧众是可以食用“三净肉”的。只是到了梁武帝时期，他通过发布禁令，要求僧人食素，汉传佛教才真正出现了不吃肉的戒律。而就在此时，佛教从中国传入日本，并迅速得到传播，日本社会出现了不吃肉的风俗。生活习俗的变化，也在一定程度上改变了统治政策，古代日本统治者多次发布禁止肉食的法令。公元675年，天武天皇颁布《肉食禁止令》，规定“莫食牛、马、犬、猿（猴）、鸡之肉，以外不在禁例，若有犯者罪之”，这是最早关于禁肉的法规，不过这并不包含对猪肉、羊肉的食用。可能是从实用角度考虑，牛、马是耕作的畜力，狗能看家，鸡要报晓，因此除了猴子外，都是可以理解的。而此后的禁令，则将其拓展到除了鱼类以外的一切肉类，因为古代日本人觉得鱼和肉不是同类，吃鱼并不是杀生。但是古代捕捞业落后，日本人也不是经常能吃到鱼肉的。正是因为不吃肉的法律、风俗，才导致了古代日本人普遍蛋白质摄入不足，成为其身高矮的一个重要因素。当然更深层的原因是，就算没有禁肉的法规、佛教的教义，古代日本的生产力，也很难满足人们的营养需求。日本是个狭小的岛国，境内多山，少平原，加上各种自然灾害频发。这样的地理环境，别说畜牧业，就是粮食产量都不高，一年所收的稻米只能勉强维持生命。日本有部电影叫《楢山节考》，讲述了古代时期信浓地区的可怕风俗。由于生产力低下，为了维持全村的口粮，只要老人到了70岁，即使再健康，也要被儿子背到山上祭祀山神。说白了就是让老人去死，以免抢占人们的食物。这种风俗虽然有悖人伦，但也是极端贫困下，迫不得已的选择。可见，古代日本人普遍穷苦，能够勉强温饱就已经很不错了，更何谈有机会吃肉呢？正是因为如此，其民众的骨骼发育自然成了问题，身材矮也就成了必然。日本人真正可以吃肉，是明治维新之后的事。当时不少有识之士认为，日本人与西方人体格差异太大，就是饮食结构不合理造成的。于是在1872年，明治天皇下令颁布《肉食解禁令》，从此结束了日本人长达1200年不吃肉的历史。
虽然吃肉禁令取消了，可人们要食肉绝不是观念改变那么简单，还需要社会生产力的支撑。因此即便到了昭和时期，日本人的身高尽管有所上升，但仍然与主要国家存在差距。1927年，日本颁布的《昭和二年兵役法》将服兵役的适龄青年分为5种。甲种兵役人员的标准是“身高超过150厘米，且各项身体指标优良的青年”。可见150cm在当时的日本已经算是标准身高了，不少历史照片都显示，当时日本兵的身高很少超过步枪长度的（三八大盖加上刺刀长度在166-168左右）。抗战爆发初期，日本军队主要招收甲种、乙种的兵源，因此军队平均身高还能维持在150cm以上。可到了后期随着伤亡日益严重，很多身高145cm以下的人也被征召入伍，平均身高直线下降，这更加剧了不少中国民众对于日本人矮小的印象。而不少被美军俘虏的日本兵在与高大美国人合影时，其身高的巨大差异令人忍俊不禁。到了战后，随着西方饮食观念的大量涌入，加上日本经济取得巨大发展，日本人开始注重营养均衡的饮食习惯。日本政府更是大力重视儿童的营养摄入，从中小学的营养餐就能看出。因此，日本国民的营养水平得到了质的飞跃，平均身高迅速拔高。据2010年统计数据显示，日本男性身高已经达到了171厘米，女性身高则从149厘米增加到了158厘米。饮食观念的改变，社会经济的发展，终于让日本结束了“矮国”的历史。这也说明人的身高除了遗传因素外，后天的营养也是不容忽视的原因。
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