limma

• limma的输入表达矩阵要求是经过log2处理之后的
  GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据。但不全是。在实际应用的时候需要根据情况判断一下。对于芯片数据，可能作者将.cel的文件处理成未标准化的数据直接上传。一般来说，在判断counts是否需要重新标准化以及是否需要log2时，可以根据数值大小粗略估计。

如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。因为2的几十次方已经非常巨大，如果2的几百次方，则不符合实际情况。
对于是否需要标准化的问题，可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断。
所以 TMM,TPM等最后先log2处理之后，才可以用limma处理差异

通常使用limma处理时，需要经过log2后的矩阵作为表达矩阵输入。根据log2FC的定义，这个数字表示变化倍数经过log2后的一个值，比如log2FC=1,则变化为2倍；log2FC=2,则变化为4倍。这是常用的一种表述方法。

在使用limma函数计算时，如果输入的矩阵没有经过log2处理，则会把FC当成log2FC输入，这或许是因为limma默认输入的是log2后的表达式。这里有必要提到log的一个运算，即对于已经log2后的数据，计算log2FC = log2(A/B)只需要直接使用log2A-log2B。所以如果给出的是一个未经log2的数值，函数也会直接相减以得到log2FC，这就导致计算出来的差异表达高达几百甚至上千。

并且，通过RMA法进行预处理时，已经经过了log2。

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