1572年，万历皇帝即位。1572年夏，首辅高拱褫去官衔职位，并被勒令即日出京，遣返原籍。1572年秋天以后，万历每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。1578年之后，他的日课之中就取消了书法而只留下了经史。总的来说，万历即位以后的第一个十年，即从1572年到1582年，为本朝百事转苏、欣欣向荣的十年。
1577年秋天，张居正父亲去世，按规定，张居正应当停职，回原籍守制，以符合“四书”中所说的父母三年之丧这一原则。万历夺情起复。1578年，万历大婚。张居正4月中旬回家葬父，7月中旬返京，时间长达三个月。张居正这一次的旅行，排场之浩大，气势之炬赫，坐轿要32个轿伕扛抬，内分卧室及客室，还有小僮两名在内伺候。随从的侍卫中，引人注目的是一队鸟铳手，乃是总兵戚继光所委派，而鸟铳在当日尚属时髦的火器。
大婚之后，年轻的皇帝脱离了太后的日夜监视。1580年，万历已经17岁，在一次夜宴上，他兴高采烈地传旨要两个宫女歌唱新曲。宫女奏称不会，皇帝立即龙颜大怒，说她们违抗圣旨，理应斩首。结果是截去了这两名宫女的长发以象征斩首。当时还有随从人员对皇帝的行动作了劝谏，此人也被拖出来责打一顿。
1581年冬天，慈圣太后跟前的一个宫女偶然地被皇帝看中。这个年轻的宫女就是后来所称的孝靖王娘娘，万历称之为恭妃王氏。她在和万历发生关系以后不久就有了身孕。1582年阳历3月，他一日而娶九嫔的时候，她还不在其选。王氏在7月被封为恭妃，8月生子，就完全合法。此子被命名为常洛，是万历的长子。
1582年，张居正去世。自从张居正去世以后，万历脱出了翰林学士的羁绊；而自从他成为父亲以来，慈圣太后也不再干预他的生活。
1582年，万历励精图治，一连串重要的国家大事，尤其是有关人事的安排，都由他亲自作出决定。而倒张运动从万历下的一道诏书开始。内称，过去丈量全国的土地，出现过许多不法行为，主要是各地强迫田主多报耕地，或者虚增面积，或者竟把房屋、坟地也列入耕地，而地方官则以此争功。鉴于弊端如此严重，那一次丈量不能作为实事求是的税收依据。这道诏书虽然没有提到张居正的名字，但一经颁布天下，过去按照张居正的指示而严格办理丈量的地方官，已一概被指斥为佞臣；没有彻底执行丈量的地方官，却被田主颂扬为真正的民之父母。反张的运动由此揭开了序幕。
1582年年底，张居正去世仅仅半年，他已经被盖棺论定，罪状有欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、任用私人、放纵奴仆凌辱缙绅，等等，归结到最后，就是结党营私，妄图把持朝廷大权。同年，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君蠹国，本应叛处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闲住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。
1583年夏季以前，万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职，撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。1584年阳历5月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可逭，因此下决心同意了这一请求。1584年，万历籍没了张居正的家。1584年阳历9月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。
1587年3月，发生了谣传万历皇帝召集午朝。然后他并没有召集，下令礼部及鸿胪寺调查，结果没有查出原因，在京所有官员罚俸两月。
到了1587年，万历皇帝还只有24岁，但登上天子的宝座却已经15年了。对他来说，这15年似乎显得特别漫长，因为有许多重复的事件和不变的礼仪要他去应付，即使是一年以前，他的爱妃郑氏生下皇子常洵，也并不能给他多少安慰。接近他的人可以看出，皇帝陛下正在越来越感到生活的单调和疲劳。上一年，他主持殿试，试题的内容是“无为而治”，他对生活的厌倦已经越出了内心世界而要开始见诸行动了。
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