12—13世纪，唯名论已不盛行，与唯名论有联系的柏拉图哲学也几乎成了异端，正统派的权威是实在论者、新柏拉图主义者。不过，由于新柏拉图主义者的泛神论思想与正统的基督教教义相抵触，教会早已视之为异端，加上到了13世纪，亚里士多德的著作大量从阿拉伯文以至希腊原文译成拉丁文，亚里士多德哲学的影响大为增长，教会遂转而利用亚里士多德哲学中与教义相结合的方面。于是被基督教教义改造过的亚里士多德哲学成了官方哲学。托马斯·阿奎那是这种官方哲学的最高权威。他明确主张哲学服务于神学，反对阿拉伯先进哲学家提出的“二重真理”说；他区分了理性和信仰，但又力图加以调和；他认为启示高于理性，哲学以理性解释上帝，不能与宗教信仰相矛盾。对于普遍与个别的问题，托马斯·阿奎那采取了温和的实在论立场。
14—15世纪中，是中世纪哲学的末期。由于罗马教会的衰微、自然科学的发展，亚里士多德哲学中重经验事实的本来面目逐步被认识，人们厌弃教会曲解了亚里士多德，于是正统的经院哲学日趋没落，哲学日益脱离神学。在这个时期以前，12世纪的阿拉伯著名哲学家伊本·路西德已提出了反对正统经院哲学的思想。他崇敬亚里士多德，甚至具有比亚里士多德更多的唯物主义思想。他提倡“二重真理”说，否认真主干预世界，主张自然事物受因果必然性支配。
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