自然选择是很霸道、果断又无情的。它不容忍弱者，对于受苦者也无动于衷。它欣赏强硬、有精神、健康的生物。你可能会以为，被这种力量塑造的生物，必定会带着它的特征， 也必定得承受这样的自我形象——它们注定要艰苦奋斗、追逐自己的利益、不顾他人死活。而自然选择也必定会离弃侠 义的自我牺牲行为。扬眉吐气的应该是自私自利。
但是，仔细观察大自然，你会发现情况并非都是如此。你很可能会看到显然非常不自私的动物，尤其是它们对待同类 的方式：发出天敌警报、分享食物、相互理毛以清除寄生虫、 领养孤儿、打斗时并不残杀甚至伤害同类、而且彼此用许多文明方式来沟通。说真的，在某些方面，它们更像是伊索寓 言里的道德典范，为了社群努力尽自己的责任，精神髙贵且行为慷慨；而不像自然选择应该会喜欢的强硬、自私的个人主义者。这类行为抛出了一道难题给达尔文的自然观点。这道难题被称作“利他主义难题”。
而且，它当然也是古典达尔文理论曾经面对的问题。但现在已经不是了。现在已经没有困难了，至少在理论上可以说得清，为何一只动物可能会看起来像是利他主义者，为何它可能愿意舍弃自己的时间、食物、领土、配偶、甚至生命， 以帮助其他个体。
一只小鸟发出警戒叫声。这看起来真是一项高度利他主义的行为：警告其他鸟儿危险逼近，但相对地，却提醒天敌 注意到小鸟自己的位置。我们要如何解释这件事？我们如果 采用生物个体中心的观点，可就无法解释了。更槽的是，我 们若采取群体或是物种层次的观点，可能又太容易就“解释”清了！然而，我们马上就会看到，这样做，反而会陷入一团弥漫在达尔文理论里数十年的谜雾中。但是，如果我们持的是基因中心的观点，难题立即令人满意地迎刃而解。
首先，考虑近亲选择。这是自然选择会欣赏的一种原则：生物个体帮助亲属的行为，即使这 项帮助会耗损自己的成本。但它是怎么运作的？
试想假若有一只基因具有这种效果，它能使所寄居的个 体表现出这种行为，以便帮助和自己同样版本的基因也能在其他个体内繁衍--只发出警戒叫声的小鸟能帮助其他鸟-儿，但是只限在其他鸟儿体内也具有一只“能表现出同样行 为”的基因时。在其他条件都相等的状况下，一只能令持有者“表现出这种有差别的协助政策”的基因，显然很容易繁生众多。但是，关键在于，这种协助必须要有差别性；如果身上不具有警戒叫声基因的鸟儿，享受到的帮助和具有该基 因的鸟儿一样多，那么，自然选择将不会喜欢这个基因。
然而，要一只基因去“辨认”其他生物个体身上是否也 带有自己的版本，可不是件容易的事。有一个方法可以增加 命中率，让利他主义只扩及它的延伸目标，粗略点说，那就是“在家族中执行”。如果我身上具有某种利他基因，那么我 的亲人也带有该基因的概率，必然比族群中随机取样的个体 来得髙。血缘愈近，我俩共有该基因的概率也愈大；血缘愈 远，共有该基因的概率也愈接近族群中的随机成员。我们若 思考这只利他基因的可能分布情形，就能看出自然选择的偏 好可能会是什么了。例如，假使我有权选择救自己一命，或是救2名兄弟，.或是救8名堂表兄弟姊妹，那么，在其他条 件不变的情况下，自然选择将不会在乎我作何种选择。然而， 如果我能拯救3名兄弟或是9名堂表兄弟姊妹，那么，自然 选择便会嘉许我的自我牺牲利他行为，赞赏我拯救亲人胜过 拯救自己。
平均说来，像这样具有利他救命性质的基因所繁衍的数目，将会超越不具这种利他、只顾自个安危的基因的繁衍数目。但是，在进行这类选择时，其他方面的条件必须完全相同。至于，为何我们并未看到生物体牺牲自己的生命，以挽救大把堂表兄弟姊妹的性命？原因在于现实生活中，不太有机会把这么多的堂表亲戚都拉聚在一块儿。此外，协助的 方向为何老是单向的（即使遗传关系很对称），原因在于现实上的不对称；因为父母的地位总是比较适合喂养子女或教导子女飞行，反过来由子女协助父母则行不通，而且同样的情 况也发生在年纪较长的手足协助弟妹——道理和父母协助子女相同，否则每项协助才一送出，就会被原封不动地退回来。
我们能根据这一切看出，尽管名字叫做“近亲选择”，帮助亲族并不比帮助其他任何人来得神奇。只不过，近亲选择可能是一种有效率又实际的法子，通过它，利他基因得以演练其识别术。这种识别规则里并不需要认出像是兄弟、姊妹、 侄女、外甥这般细微的关系。它们可以做得非常简化：“帮助 和你同巢长大的成员”或是“帮助那些气味和你一样的个 体”，又或是“帮助你的邻居”（对于习惯待在同个地方的动 物种类而言)。
这类案例在真实生活中处处可见。许多种地松鼠，例如uSpermophilus，雌性（和雄性不同）都和近亲住在一起。这种习性让近亲选择更有发挥的空间。而且，据了 解，雌地松鼠在做出警戒叫声这种髙度危险的行为时，会因母亲、女儿或姊妹的关系而有不同。塔斯马尼亚土母鸡 (Tasmanian native hen)也是一个例子，它们的生育小组 成员有时为二雄一雌。结果发现，在这种情况下的两只雄性 原来是兄弟（当雄性过剩时，对于已配对的雄性而言，与其 把兄弟赶出去，不如和它分享配偶更具有选择利益）。近亲选 择有时候也包括‘‘在巢中帮忙”，也就是放弃交配，在巢中帮 忙养育其他成员的子女；目前已知起码有150种以上的鸟类， 会出现这种行为。在大部分案例中（虽然并非全部），在巢中 帮忙的年轻鸟类均为受扶养者的兄姊或近亲。在某些状况下， 例如，领地内的饲育地点非常稀少时，协助养育亲属可能比 自己尝试生育来得划算。
但是，如果受益者并非该动物的亲戚呢？那么，我们又 得如何解释利他行为？互惠是一个答案。
从外表看来，利他主义真正能带给成员的好处究竟是什么？好处是：它们能通过更有效的合作方式，相互交换利他恩泽，而这是单打独斗无法提供的。良好行为所耗费的成本， 可以被回报的良好行为利益给抵消。但是，这般温馨、互利的安排到底是怎么产生的？对于一名自私的达尔文主义策略家而言，这自然也是大行剥削的好时机。当然啦，合作能够得到报偿，但是，背信行为会不会带给背信者更多报偿呢？ 放心，它绝对无法进化下去，因为叛徒从日渐减少的资源中搜刮好处，却不予回报，因此合作会渐渐衰减成骗局。只有 每位成员都愿意合作，每位成员才可能过好日子；但是，如 果每一生物个体最在意的都是追求自己的最大利益，结果， 免不了大家都活得更惨。
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