细菌遍布于人体的一切自然腔道内，因胃肠道的环境特殊，为细菌的生长繁殖提供了最佳场所，所以寄居的细菌数量也最多。人体肠道寄居的细菌有1 000～1 150种，包含50个门及500多个种，约1014个, 其细菌总数与人体细胞总数相当，重量可达1.5-2kg。肠道细菌的90％由厚壁菌门和拟杆菌门构成，其次是变形菌门、疣微菌门、放线菌门、梭杆菌门和蓝菌门。因其庞大的数量以及与人体健康的关系密切，被称为人类的 “第二基因组 ”，可见肠道细菌对人体有多重要。当然，你也不用过于害怕，因为在正常情况下，肠道细菌对我们人体有益而无害，在人体消化系统中发挥着重要的作用。
这些细菌大多在婴儿出生后即可获得，其细菌的种类构成及数量在2～3岁以后逐渐稳定并类似于成人，并与人体形成一个动态的平衡系统，参与机体多种生理过程。肠道细菌不但可以促进肠道的生长发育及免疫力形成，还可以发酵不被小肠吸收的食物残渣，为宿主和微生物本身提供能量和营养物质。此外，其代谢产物也可发挥重要作用，如利用未消化碳水化合物发酵生成短链脂肪酸。因此，人体肠道和共生菌之间的平衡是维持肠功能正常发挥的关键。
虽然肠道中寄居着大量的细菌，但由于肠粘膜具有免疫功能，可将肠道内细菌、毒素阻隔在肠腔内，防止病原微生物及其毒素入侵人体。每天会有大量的细菌及细菌毒素（约占粪便干重的1/3）随着食物残渣排出，以维持肠道内环境的稳定。如患者出现肠梗阻，粪便不能排出而积聚在肠道内，会导致肠管扩张，肠粘膜通透性增加，肠道细菌及毒素入侵人体，引起脓毒血症，严重时危机生命。因此，养成良好的排便习惯，有益于人体的健康。
此外，人体在正常情况下肠道菌群结构相对稳定 ，但是饮食或药物，如长期使用抗生素及其它环境因素会导致肠道菌群结构发生变化，有益菌减少，有害菌增加，出现肠功能紊乱，导致消化不良或者腹泻。长期菌群失调会破坏宿主肠道黏膜屏障，诱导黏膜持续慢性炎症状态 ，促使肠上皮细胞经过损伤——增殖——上皮不典型增生——腺瘤的演变，最终可导致结直肠癌的发生。因此，规律的饮食，不滥用抗生素，维持肠道与细菌平衡，可降低结直肠癌的发生率。
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