十九世纪更正教传教士来到中国并不是基督福音的初传。广义地说，基督教叩击中国的大门，前后共历四次。此包括唐朝的景教、元朝的也里可温教、明末清初的天主教，以及清末的天主教和更正教(还有少数的俄国东正教)。此四次的传华都是不相衔接、彼此并无承传关系的；换言之，前三次的传华都曾因各样的缘故而中断了。所以，设若就基督教数度来华原来要使中国基督化的目的而论，前三次的尝试都是失败的，第四次也未算成功；设若再就福音植根中国此宏远的理想来看，则基督教屡次传入、又屡次遭到各种文化及政治的因素而被扼杀，被迫中止传播，可见福音的根仍未扎稳于中国的土壤上。这一次又一次的失败经验，到底反映了一个怎样的事实？前三次福音传入中国的历史，对基督教的第四度传华，又遗留下了甚么有待解决的历史包袱、预备了什么土壤以备福音种子撒下呢？这是第一讲要处理的课题。
基督教第一次进入中国，是唐朝的景教。
景教究竟是怎么一回事？对教会历史无甚认识的人可能会感到陌生，故这里略为交代一下。景教的原名是「聂斯脱略派」(Nestorianism)，它是聂斯脱略(Nestorius)的追随者的意思。聂斯脱略在五世纪时是君士坦丁堡的宗主教(Patriarch of Constantinople)。他在神学思想上，力图维护基督的人性的完整。基督的人性绝不因着他同时是神、具有完全的神性便有所亏损，或被后者混淆至掩盖了它的功能。聂斯脱略坚持基督具有完全的神性和人性固然不错，但在两性如何结合在同一位(one person)的基督身上此问题上，却产生了难以克服的困难；特别是他过份强调基督的人性部份的独立性，便使人误会好像将基督一分为二一样。因看这个对基督论的看法，聂斯脱略反对当时教会很流行的将马利亚称为上帝之母(The otokos)的说法，马利亚只是凡人，如何能做上帝之母？她只是耶稣的人体和人性的母亲罢了。这种对马利亚地位的看法，与当时一般信徒的崇敬马利亚的感情自然大相迳庭，故招来不少反对之声。再加上他的敌人亚历山太城(Alexandria)的宗主教西利耳(Cyril)为了在教区与教区间的竞争上压倒对手，不惜用种种卑污的手段污蔑和陷害他，结果在以弗所大公会议上，聂氏被判为异端，革除教籍。不过往后的历史发展却非常具讽刺性，经过数十年间的教权和政权的抗衡和冲突后，聂斯脱略虽仍旧被摒诸教门之外，而西利耳则被大公教会封立为圣人；但是聂氏的神学思想却绝大部分被奉为正统(除了经修订后马利亚仍是上帝之母，而后来西方教会又引入两性的性质互享［enhypostaton]的观念以解决一位二性的困难)，反倒西利耳的思想以及其门徒，却被判为异端，结果分裂为「基督一性派」(Monophysitism)。
无论如何，聂斯脱略被革除教籍后最终流放而死。他的信徒和支持者亦离开大公教会往东发展，辗转在波斯(今伊朗)帝国下奠基。并且积极向各地传教。他们传教的范围之广，建立大主教区之多，在十三世纪时较诸大公教会及希腊东方教会还要盛。中国很早便成了聂斯脱略派的传教目标。
主后635年，波斯一位聂斯脱略派的传教士阿罗本(olopen)来到长安，此时为唐朝太宗的贞观九年。唐太宗对宗教采取相当宽容的政策，客让不同的外来宗教在华传播，对景教也不例外。他除派出宰相房玄龄到长安西郊隆重接待阿罗本入京外，又大力协助阿氏翻译圣经，及出资在长安义宁坊建造礼拜堂，以为礼拜及传教之用。
聂斯脱略派在传入中国之初，由于来自波斯的关系，被称为「波斯经教」，礼拜堂被称为「波斯寺」，传教士也被称为「波斯僧」。但在第七世纪以后，由于波斯帝国已为信奉伊斯兰教(Islam)的阿拉伯世界所征服，全国改奉伊斯兰教；聂斯脱略派的中心也由波斯转移至东方。故在华的传教士觉得不便继续沿袭波斯教的名号，乃向时为中国皇帝的玄宗请准更易名字。天宝四年(745A．D．)玄宗批准易名为「大秦教」，以标示基督教更早是起源自大秦(罗马)。至于为何后人又称在华的聂斯脱略派为「景教」呢，原因未详。据大秦景教流行中国碑的碑文所云：「真常之道，妙而难名，功用昭彰，强称景教」。但到底是什么功用昭彰？是教义上(指成了肉身的「道」)、传教效果上、还是宗教的功能上，便很不清楚。又究竟是唐人勉强称聂斯脱略派为景教、还是聂派自己将其宗教的含义意译而自称景教，这里也无法确定。总之，自景教碑被发现后至今日，一般学者都惯于以景教名之。
景教自唐太宗贞观九年进入中国开始，历十四朝皇帝至武宗，前后在华传播达二百一十年。期间除曾在武则天掌权的半个世纪内遭到逼迫外，大抵上皆受朝廷礼遇；特别在太宗、高宗、玄宗等朝，对景教至为优容。景教在中国教区内的大主教朝廷封赠为「镇国大法王」，又多所赏赐。在这样的政治环境下，景教也获得了一定的发展，虽未必如景教碑上所说的「法流十道……寺满百城」，但长安城以外的一些地方设立了景教的礼拜堂(「而于诸州各置景寺」、「肃宗文明皇帝于灵武等五郡重立景寺」)，则是毫无疑问的事。不过，值得思想的是在这二百多年间的传播里，到底吸引了多少中国信徒入教；起码就景教碑及敦煌石室所发现的一些确认出是属于景教文献的资料中记载，所有被提及的教士名字，皆无汉人在内，可见中国信徒并未在整个教会内担任过重要的职务。此亦间接说明景教自传入中国至立景教碑此一百五十年间，大致上仍是受外国差会在人力及财力上支援的教会；中国籍的教会领袖不多，洋教(「胡教」)的名号和色彩自然极其浓厚，本色化也不可能。
德宗建宗二年(781A.D.)，景教教士景净为纪念其父伊斯对景教的贡献，也为记述景教在华一百五十年间传播的历史，乃书立了一块巨大的石碑，名为「大秦景教流行中国碑」。大概在唐武宗下令灭教后不久，景教徒便把这块石碑埋在地下，直至明朝天启五年(1625A．D.)才由后人发掘出来。碑文共长一千九百多字，里面简介了景教一些基本信仰、礼仪、道德教训，以及景教在华传播与朝廷发生的关系的经过记述。这与二十世纪初在甘肃敦煌石室所发现的七种景教文献，同为研究景教历史的主要材料。
武宗于会昌五年(845A．D.)基于经济和宗教的理由，下令消灭所有外来宗教。虽然打击的主要对象是佛教，但景教也受到牵连，礼拜堂被毁，教产全被充公，教士被迫还俗。此次打击，虽不致立即令景教在中国消亡，但亦已元气大伤；其后再历黄巢之乱及唐朝覆亡，景教在中土几全消失；唯有在北方的胡人中间，仍有若干信奉者。
景教在唐朝传播的历史自此告一段落。
基督教二度传华是元朝的也里可温教。
也里可温(Erkeun或Arkaim)是蒙古语，即希伯来文「上帝」(Elohim)的转音。换言之，也里可温就是「上帝教」或「信奉上帝的人」的意思，这是元朝蒙古人对基督徒的总称。
元朝的也里可温教，包括了聂斯脱略派的景教、及罗马天主教。
前面提过，唐朝覆亡后，景教已逐渐在中土消失，但是在中国边疆的一些少数民族中，却仍然继续存在，甚至成了整个部族的共同信仰。例如蒙古族的克烈、乃蛮、蔑里乞及汪古等部落，以及畏吾儿族等，皆是信奉景教的。
蒙古各族在第十三世纪由成吉斯汗统一起来，结集成一股极为强大的军事势力，并迅速席卷欧、亚，向西直捣至俄罗斯及波兰、匈牙利，向东则接连消灭西夏、金及南宋，建立了一个历史上空前的大帝国。虽然蒙古人有他们原始的宗教信仰，但由于文化不高，宗教的排他性不强；加上帝国幅员广大，统辖的民族又多，必须推行宗教宽容政策，是以不同的宗教都得以在帝国的范围内传播。景教也因之而在中国本土复兴起来。
此时期在中土流传的景教，除了有原来已奉教的蒙古人及畏吾儿人外，还有不少是由朝廷雇用为官员的色目人(来自西域及其他国家，其中不少是信奉景教的，特别是来自高加索的阿兰人)。他们伴随着蒙古帝国的迁都，由和林迁移到汗八里(北京)来。汗八里因而成了许多景教徒集居之地，教堂及信徒数目皆不少；其他地区亦因蒙古人和色目人的进驻，而将景教带进去。在元朝，中土出了两个在整个景教历史中颇为重要的人物：一个是汗八里的隐修士巴·扫马(BarSauma，或作拉班·扫马RabbanSauma)，另一位则是前者的学生，来自科尚(在山西)的马可(Markos)，他们都是畏吾儿人。主后1278年，他们发愿联袂往耶路撒冷朝圣，于是动身西行，辗
转到达波斯及巴格达，最后在马拉加城(Maragh)谒见了景教(聂斯脱略派)的最高领导人大总管(Patriarch)马·登哈(MarDenha)。巴·扫马和马可由于战争路途阻隔，无法抵达耶路撒冷；但在回程时适遇马·登哈逝世，马可竟被推举为继任的东方教会的大总管，取名雅八拉哈三世(YaballahaⅢ)。巴·扫马亦曾代表蒙古统治波斯的西域宗王阿鲁浑(ArghouKhan)及雅八拉哈三世出使欧洲，先后谒见君士坦丁堡的东罗马帝国皇帝、罗马教皇及英、法等国国王等，提出东、西方联手合力对付回教徒，以收复耶路撒冷的建议。但未果。
景教徒在元朝的发展，是由边境的少部民族及西域传入的，与从前在唐朝中土传播的景教并无任何关系。可以说这是聂斯脱略派的二传中国。
景教在蒙古及东方的部族中盛行的消息，早在第十二世纪已传至欧洲，并且导致了「长老约翰王」(PresterJohn)的传说广泛的流传。「长老约翰王」的传说是指在东方有一个信奉基督教的君王叫约翰，他既为教长，又是属世君王，势力很大。当时期欧洲的基督教国家正陷于与回教徒的苦战中，教皇及一些世俗君王乃想到，只要与东方的长老约翰王联手夹击，必然地可以打败位处中央的回教徒。加上其时有人伪造了一封署名为长老约翰王的信函，寄发给欧洲各基督教君王，吁请他们共同收复耶路撒冷，这封信在宗教和政治上都产生了极大的震撼力。「长老约翰王」的传说的流行，是促成罗马教皇遣使东来的远因。
罗马天主教教廷与中国正式有所接触，是在第十三世纪的时候。此时期欧洲正陷于纷乱的状态，教皇与日尔曼的神圣罗马皇帝互相争权，各世俗君王之间又排斥猜忌，故此数度组织的十字军都无法消灭在东欧日益膨胀的回教势力。蒙古大军在东方崛起，且势如破竹地西侵的消息传来后，教皇和各欧洲君王皆忧喜参半。忧者乃惧怕蒙古会成为继回教徒后另一股更为可怕的基督教世界的敌人；喜者是由于从前「长老约翰王」的传说仍深入民心，倘若蒙古人真的是信奉基督教，则他们便可以联合蒙古军队夹攻回教徒。于是为了剌探蒙古的虚实，教廷乃先后于主后1245年及1253年派出两位方济各会士(Franciscans)柏郎嘉宾(John of Plano Carpini)及罗伯鲁(William of Rubruck)到蒙古的旧都和林，分别谒见定宗及宪宗。他们发现蒙古大汗并非如原来想像般是基督徒，故合作计划自不了了之；但与此同时，他们却又发现在蒙古境内以至朝廷的王公大臣中，都有不少景教信徒存在。虽然大公教会视聂斯脱略派为异端，但亦意味着基督教能够在中国传播。
1269年，元世祖忽必烈委托两位由和林返回欧洲的义大利商人波罗(polo)兄弟，带一封玺书给教皇，提出请教皇派遣一百名通晓七艺(文法、论理学、修辞学、算学、几何学、音乐和天文学)的传教士来华，若证明基督教比其他宗教更优越及可信，蒙古的统治阶层及臣民将改奉基督教。忽必烈还要求他们带回耶路撒冷耶稣墓上的长明灯的一点圣油，好让他礼奉敬拜。波罗兄弟二人领命回欧洲，谒见教皇。教皇除覆函外，又派遣了两位道明会(Dominicans)的会士偕他们一同往中国，惜两位教士中途折回；余下波罗兄弟及其中一人的儿子马可波罗(Marco Polo)继续前行，终到达中国。这次教廷与中国的传教接触乃告失败。
天主教真正成功地来华传教是在至元二十六年(1289A．D．)，教皇尼古拉四世(NicholasⅣ)派遣方济各修土孟高维诺(John of Montecorvino)以教廷使节身份来中国，在主后1294年抵达大都，获准在中国居留及传教。孟高维诺的传教工作，虽然遭到景教徒的一些阻挠，但大致上仍顺利开展，教堂及信徒人数均有增长。1307年，教皇革利免五世(Clement V)封孟氏为汗八里(北京)总主教，掌管契丹(中国北部)及蛮子(中国南部)的教务；又派更多修士以协助他。孟高维诺在华传教三十四年，至1328年去世。其时在华的天主教徒人数估计已逾一万人以上，除北京外，主要集中在泉州。
孟高维诺以后，教皇仍有任命继任的汗八里总主教，但大概都没有真正赴任来中国。不过教廷与元朝政府仍有间断性的往还，元顺帝曾遣使臣觐见教皇本笃十二世(Benedict XⅡ)，教皇亦回派使团到中国，其中一人是马黎诺里(John of Marignolli)。他在主后1342年到达汗八里，居留了三年；然后经泉州而返。根据他的游记记述，元朝政府对在华天主教甚为优容，皇帝且希望教皇能差遣一位枢机主教来中国，充任总主教。至于中国教会的情况，在汗八里有数间教堂，教士的生活费用皆由皇帝供给，十分丰足；在泉州则有天主教三所。至于信徒人数，大约有三万人。
中国的天主教徒多数是来自高加索的阿兰人(元朝称色目人)，他们随同蒙古人入主中国，在朝廷担任要职；并且在他们的影响下使元朝的皇帝对天主教多所恩待，除给予大量捐助外，又允准修士们向佛教徒传教；天主教唯一的回报就是与传统宗教的功能一般，替皇帝祈求健康长寿。由于教廷派往中国的传教士甚少，可以相信教会必然有训练本地的教士和方济各会会士(只有该会能到中国传教)。不过，在这三万名天主教徒中，到底有多少汉人在内倒是一大疑问。起码在主后1368年当明朝取代元朝统治中国，蒙古人及信教的阿兰人皆离开中土后，天主教便迅速在中国消失影踪。天主教的消失，是自然而非是某些政治性的迫害的结果，可见遗留下来的汉人信徒应该不多。
元朝的也里可温教，无论是景教还是天主教，主要的奉教者皆非汉人，而是当时期统治汉人的蒙古人、色目人及其他外来的少数民族。他们多数非常富有，又掌握政治权力，隶属于统治阶层。在元朝这个种族极度歧视及压迫的社会里，蒙古人与汉人甚为对立；若景教或天主教被视为统治阶层的信仰，则其不能广泛地吸引汉人皈依，是很自然的事。大概这便是基督教第二次东传之未能植根中国的原因。
基督教第三度来华，是在第十六世纪由天主教的耶稣会首先开拓的。
耶稣会是第十六世纪天主教新成立的修会。面对着改教运动所造成教义及信仰上的严重冲激，基督教世界分裂为几个不同的阵营。罗马天主教的势力大幅被削减，再加上改教运动彻底暴露了教会内部的种种腐败与罪恶；改革显然是刻不容缓的事。耶稣会作为一个新兴的修会，正好为这个改革的需要提供了新生的力量。她除了奖励学术研究，积极对抗当时反对天主教会的「异端」外，又锐意发展海外宣教工作。耶稣会创办人依纳爵(Ignatius of Loyola)的跟随者首批会士之一的方济各·沙勿略(Francis Xavier)在修会设立才十二年后，已尝试叩开中国的福音大门。
有关耶稣会的历史及精神，虽然对研究其在华历史有重要意义，但因篇幅关系，无法在此交代。这里只要特别指出一点，除了早期制度尚未健全外，耶稣会对于会士的训练，是至为苛刻严格的；一个完全的会士，连实习在内一共要接受十五年训练和装备，而学习的范围远远超逾圣经及神学之外，包括了自然科学及人文学科。这就是为什么绝大部分来华的耶稣会士在学问及见识上都是极其优秀的人，所能产生的影响会如斯大。
经历了数位先行者的失败后，第一位成功地将天主教移植到中国的是意大利籍的利玛窦(Matteo Ricci)，他是继范礼安(Alessandro Valignano)及罗明坚(Michele Ruggieri)后第三位踏足中国境内的耶稣会士。利玛窦于主后1583年抵肇庆，在那里工作了一段日子；然后辗转于主后1601年抵达北京，获准居留及传教。天主教乃得以在中国自由传播。
利玛窦与其他耶稣会士深深体会到中国文化(特别是儒家)与中华民族血肉相连的意义；若要有效地与中国人接触，必须对中文及中国古代圣贤的典籍娴熟，否则无法打进中国社会上最有影响力的知识及统治阶层。故此利玛窦等身穿儒服，苦读中文，又努力要结识学者名流。他们对孔子至为尊崇，并相信基督教与孔子学说不相谬对，乃是互相吻合和补充。利玛窦了解当时知识界流行的宋明理学已搭建了一套封闭性和自足的宇宙生成论(Cosmogony)及形上学，故不可能容纳到有神论思想；所以他乃积极抬举先秦儒家，并征引原始典籍中的「天」的观念以证明中国人原来是相信有位格的神观，企图以先秦儒家来压倒宋明儒家。当然，利玛窦对中国文化也不是全盘肯定的，佛老等迷信固然为他所激烈地反对，即就原始儒家本身，他还是看出其缺陷和不完全性；不过利玛窦深信基督教信仰正好可以补充中国文化的不足。他的最终目的，是以基督教来「合儒」、「补儒」以至最后「超儒」。
除了努力使基督教融合进中国文化外，利玛窦又积极向中国人传播西方的科技及思想；借以引起国人对西洋文化及基督教的兴趣；并向中国的知识阶层显示「西儒」的智慧和学养，加增他们的社会地位及影响力。对此，虽然有不少学者指出，利玛窦等耶稣会会士输入中国的，撇除一些新式的器物不谈，大部份的自然科学知识都只是希腊的宇宙论及中世纪的神哲学知识论，而非真正属于「近代」(十六世纪)的新发现。故此，耶稣会会士对中国近代化的贡献实不如过往所传之甚。但是，他们对中西文化交流所起的作用，对刺激起明末清初中国知识分子的科技研究，还是有不可破灭的殊勋的。
利玛窦卒于主后1610年。接任的耶稣会会士大抵皆遵从他的传教方法：在不损害中国的固有文化的条件下，使国人接受基督教信仰。他们之中不乏如利氏般有才识的，如主后1622年奉命来华协助改订中国历法的邓玉函(Johann Schreck)及汤若望(Johann Adam Schallvon Bell)。邓玉函很早辞世，在汤若望及一、二后来者的努力下，主后1634年成功地编订新的万年历呈献给中国皇帝，并且一直沿用至清末，这是划时代的重要建树。汤若望并因此成为第一位传教士而受聘为朝廷的皇家天文台台长(钦天监正)的职位的人。
在耶稣会会士的奋斗下，中国天主教得到空前的发展。从韶州、南昌、南京、北京四个最早的传教根据地扩展至各省，信徒人数不断增加，至明亡时(1644A．D．)已逾十万人之众。其中不乏皇室人员、朝廷大吏及知识分子，包括赫赫有名的徐光启及李之藻在内，他们的奉教对提高天主教的社会地位有极大帮助。
当然天主教在中国传播并非都是一帆风顺的，除了早期要寻找合法居留中国所遭遇的种种窘困外，自主后1606年第一位中国耶稣会士黄明沙殉难开始，天主教便屡次遭到攻击，其中最严重的是万历四十四年(1616A．D．)由南京礼部侍郎沈发起的「南京教案」。不过，这些攻击都因着耶稣会会士的智慧和忍耐最终获得圆满解决，并未造成长期的影响。而且，利玛窦等一开始便确立了与朝廷保持良好关系及认同尊崇儒家的作法，故此来自朝廷或正统思想的压力绝少；反对者只是基于实际利益的受损(如沈)及佛、道等教徒的煽动，他们既非中国社会的主流，也形成不了什么气候。
眼见明室国势日戢，在重臣徐光启等的建议下，耶稣会会士曾企图购买西洋大炮，及援引欧洲各国以援助明室，惜未见成效。及至清人入关，崇祯帝自刎。信奉天主教的朝臣瞿式耜奉永历帝即位于肇庆。此时永历帝的朝廷和宫中，天主教徒颇为不少；耶稣会会士且获准出入禁宫，向后妃传道，皇太后、皇后乃至皇太子都受洗入教，永历帝本人亦曾参与弥撒。为了保存这个最有希望使中国全国改奉天主教的政权，耶稣会会士乃代为筹划，委派会士卜弥格(MichaelBoym)为明廷特使，前赴欧洲朝观教皇及各君主，请求给予援手；永历帝的皇太后且领衔向教皇发出书函。惟欧洲并未提供任何援助，也无法改变明主覆亡的命运。
清朝代明而立后，对天主教仍采取优容政策，教会仍准继续传播宗教，部份耶稣会会士亦得在朝廷供职。顺治帝和康熙帝，对汤若望和继任钦天监正的南怀仁(Ferdinand Verbiest)至为友善，也极喜好西洋文化和器艺，甚至可以说对天主教有相当好感。康熙帝本人尝撰写一些宗教性的文字，对天主教的教义所知甚详，虽然最终他没有皈依，但也是名义上第一位中国君主公开允许天主教在华传播。在他明察秋毫的审理下，天主教得以避过清初由杨光先等朝臣所发动的首遭大劫难(所谓「历狱」)。
一直以来，对东方(包括日本及中国)的传教权利都是由葡萄牙籍的耶稣会所独占，各教区也是由葡国保护的。至主后1631年，教皇取消葡萄牙的保教权，其他修会也得以来华传教，于是道明会、方济各会等相继东来，在福建及沿海一带建立传教根据地。昔日，当来华的传教事业全由耶稣会负责时，虽然传教士之间的对华传教政策亦有不同的看法(例如利玛窦与罗明坚)，但由于他们有上下隶属的关系，问题较易解决。惟当有更多修会东来后，对传教的不同理解很容易便会扩大为严重的分歧，特别是我们还要加上修会间的彼此竞争和嫉妒的心理在内。修会间互不统属，一旦发生冲突，问题便只可交付千里迢迢、对中国的情况一无所知的教皇来作最后的仲裁，悲剧便由此而生。这里要特别提到的是礼仪之争。
利玛窦等早期来华的耶稣会会士，认定天主教若要成功在华奠基，必要先从中国皇帝那里取得合法居留及传播的准许；而这除了须博取朝臣和知识分子对天主教产生好感外，也要尽量避免与中国赖以治国安民的正统(儒家)发生正面冲突。于是他们乃批准华籍信徒继续尊崇孔子及祭祀祖先。据利玛窦等人的辩解是他们认为儒家不是偶像崇拜的宗教，而只是理性主义的伦理道德观；而祭祖祀孔也不能算是宗教行为。依情而论，这些辩解不一定符合全部的事实，特别是庸俗化的儒家思想，是颇具宗教性成份的，即耶稣会士亦无法保证中国信徒在从事祭祖祀孔等活动时，可以完全排除偶像崇拜的心理，而不会让传统的宗教调合主义死灰复燃。但是，我们也需要了解当时的处境，早在第十七世纪初耶稣会士在韶州工作时，便已面对士大夫阶层的天主教不拜祖先、伤风败德的严重责难，而此等责难是无时或止的；假如我们对中国的社会和文化略有认识，了解到儒家学说是整个统治阶层的组成基础，祭祖祀孔不是个人的行为，乃是紧扣着社会每一个环节的运作(不祀孔即表示不能参加科举考试、不能做官、读书也无意义……)，则必然清楚此事实：倘若在第十七世纪的中国，天主教禁止信徒祭祖祀孔的话，她之被逐出中国就是必然随来的后果，完全不可能有任何的侥幸或例外！
先是道明会的会士反对耶稣会纵容中国信徒参予祭祖祀孔的拜偶像活动，向罗马教皇投诉。此时教廷正深受改教运动后的分裂教派的困扰，对「异端」的传播至为敏感。几经争议下，主后1704年教皇革利免十一世(Clement XI)批准圣职部(掌教义审理)的决议，全面禁止中国天主教徒进孔庙、祠堂、上坟，以及一切与祭祖祀孔相关的活动，并且委派多罗(CarloTommaso)宗主教出使中国，执行教皇对中国礼仪问题的决议案。多罗于主后1705年来到中国观见康熙帝，传达教皇的谕令。康熙帝大怒，不仅视之为破坏中国传统的礼俗，更视其为对他本人的干犯和挑战，因为一个远邦的小教主，如何能僭越中国皇帝的地位，代为决定中华臣民的社教礼节。他除了下令将多罗押解至澳门外，又尝一度将大部分在华的主教和传教士驱逐。惟教皇并不妥协，一方面重申祭祖祀孔的禁令，另方面在主后1720年二度委派由嘉乐(Carlo Mezzabarba)领导的使团赴华。嘉乐宗主教抵达中国后，了解到在华的传教事业所面临的严重情势，故在与康熙帝进行交涉前，私下在教皇禁令之外加添八项特准，容许无宗教性质的祭祖祀孔的礼仪继续举行。但此八项特准既为一些修会所反对，亦未能挽回礼仪之争所造成康熙帝与天主教的裂痕。可以说，因着礼仪之争，天主教在华的黄金时期已告结束了。
康熙帝虽曾于五十九年(1720A．D)下令禁止西洋教士在中国传教，但并未严格执行。至雍正帝即位，由于他对天主教和西洋器艺并无好感，再加上天主教传教士曾介入支持他的兄弟与他的帝位继承之争，故重申禁教之令，准许地方官员随意迫害及驱逐教士及信徒，中国人奉教亦可被处死刑。乾隆帝及其后继位的皇帝都曾重申及执行此禁令，惟在乾隆朝时，仍有少数教士获准在朝廷供职，从事天文或艺术的工作，他们也可以在北京自由传教。各省亦有少数传教士冒险留下，继续从事传教活动，天主教也并未在中国全面消失。迨至主后1773年，教皇革利免十四世(Clement XIV)基于政治的理由下令解散耶稣会，一切在华工作转由遣使会接管，传教事业受到进一步的打击。在嘉庆朝的1800年时全国据称尚有廿一万信徒，但在接踵而来的教难及教士极度短缺的情况下，天主教虽仍存在于中国，但绝大部分已无功能了。
要检讨基督教第三度来华的历史殊为不易，特别是对礼仪之争，更难简单地评论谁是谁非。不过天主教在第十六、七世纪的兴衰，倒指陈了一个重要的事实：倘无政府的允准，或不能与政府保持和谐的关系的话，基督信仰是难以在中国自由且自然地生长的。因为对中国而言，皇帝自觉其责任在教化臣民，宗教作为一套意识型态，必然是在他的监管和控制范围之内的。利玛窦更进一步的看出，假若教会并未预先得到君主的祝福，即使在民众间广受欢迎亦无济于事，甚至会因着人数递增而招至朝廷的敌视，加速消亡的步伐。可以大胆的指出，这个事例在基督教第四度来华，以至今日的中国，仍是完全适用的。
耶稣会对儒家的包容和诠释，未必是我们可以完全认同的。但是他们努力要争取使基督信仰获得知识阶层和社会人士的尊重，摆脱一直以来中国人视宗教徒、布教者为社会边缘的卑贱分子的作法，是值得我们深思的；而积极在第一时间培植本地修士、对各种迫害采取忍耐和默然等待的态度、积极研习本地文化及注重说理式的文字工作等，更是今日的差传事工所必须学习持守的经验。事实上，基督教第四度传入中国至今，不论是天主教抑或更正教，在芸芸众护教的文字中，尚未有任何一种在文采或理论结构上可以超逾利玛窦等人的。这实在是令人惭愧及惋惜。
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