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g:profiler-富集分析/ID转换神器

g:profiler-富集分析/ID转换神器

作者: 医科研 | 来源:发表于2019-04-20 16:03 被阅读26次

    作者:白介素2
    有段时间没有跟大家分享科研神器了,闲下来浏览一下白介素同学的科研神器库藏(对,你没看错,就是库藏),发现一个好用的很科研神器库,分享给大家。
    先来看看张啥样?芳名g:profiler

    image.png
    界面比较干净清爽,主要功能也讲的比较清楚,一目了然,包括:功能富集分析,ID转换,物种间同源基因mapping ,SNP ID匹配到基因名 咱们就不多废话了,来看下效果如何吧。
    功能富集分析,还是只会DAVID?(DAVID被吐槽了数据未更新)
    功能富集分析,包括 GO富集,KEGG富集等等一系列如下
    image.png
    看下效果如何把?
    image.png
    图片可直接下载,非常漂亮吧? 还可以直接以链接的形式分享,啥概念?比如白介素同学这次的分析结果https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost就是这个链接,可以分享给大家看下载等。
    image.png
    再看详细信息是不是更更加好看了,结果全部可以下载,自己放到文章里去吧,下次发了文章,可以在文章致谢部分感谢一下白介素同学(开玩笑的)。
    ID转换功能
    这个功能就非常刚需了吧? 碰到各种各样的ID转化可咋办?有同学要说 R语言了,白介素同学倒是认为这个更实用除非 本来就在R环境中分析数据,不然这个更实用,而且功能更强,为啥,因为不用再去读取数据写代码了。ID转换包括各式各样的ID,甚至还包括了 affy芯片 ID的转换,不知道affy id的同学赶紧去补充下基因芯片的基础知识。
    image.png
    另外后面两个功能大家想对可能用的比较少,白介素同学就不多介绍了,知道一下即可。需要用的话,随时掏出来搞事情。
    最后介绍一下神器包的背景,了解下水平如何?
    image.png
    有点恐怖吧,就这个神器包,发了3篇核酸研究,好啦,说到这儿大家心里有数了吧?
    内容就分享到这里,白介素同学祝大家用的愉快!

    往期神器有很多

    12 IRIS-RNA-seq数据分析网页版 https://mp.weixin.qq.com/s/xyNVz5qldY0_05sNcpBkNw

    11 如何花5分钟给你的Paper加几张Figure?https://mp.weixin.qq.com/s/ybkhYYHapmLvPKmyTaAssQ

    10 肿瘤免疫浸润分析系列2 https://mp.weixin.qq.com/s/BOy3Qzi8ki0LTm1WX26HAA

    09 同样是画热图,为啥不用R语言人家也能画得好看?https://mp.weixin.qq.com/s/Z6P34o9PzaPGpTrPJn-5ig

    08 不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析!附赠高颜值Figure https://mp.weixin.qq.com/s/UL12AZ7lB92u9cAdCXX4yg

    07又一个碉堡的RNA-seq数据分析神器,分析不求人 https://mp.weixin.qq.com/s/xyNVz5qldY0_05sNcpBkNw

    05一个碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器,生信so easy https://mp.weixin.qq.com/s/YUxIRbI-Jv6q6LslIlliyA

    04 单细胞测序数据分析工具包-2 https://mp.weixin.qq.com/s/UpVV8KiScZq0AtvhyFY4zg

    03 肿瘤免疫浸润分析系列一-3 https://mp.weixin.qq.com/s/hjfMRiNfxBqTpdd-f8HjAw

    02 跟这个数据库其它都弱爆了 https://mp.weixin.qq.com/s/8WGH9mw9GPwP8ed7cuJcFA

    01 只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper和标书https://mp.weixin.qq.com/s/yajp3HQW5PIbF1vPJ_mTig

    Treehouse:一个10000+肿瘤sample的数据库 https://mp.weixin.qq.com/s/1Jl1VSAFamK3xTm06m3kZQ

    如何优雅的用十分钟对Pubmed文本挖掘掌握研究现状?https://mp.weixin.qq.com/s/M07PmoTA2IOvI1cn1C_fGQ

    endnote如何显示代表论文的作者全名? https://mp.weixin.qq.com/s/A5FnaqhVh_QS80xkANfx9A

    数据挖掘是怎样动脑的?以一篇文献为例 https://mp.weixin.qq.com/s/SazM0kn8wBwl2UXRSsIw

    基因表达与甲基化生信文献解读https://mp.weixin.qq.com/s/8WGH9mw9GPwP8ed7cuJcFA

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