藏族聚居的西藏自元朝开始正式成为我国的一个行政区域，明朝称西藏，为乌斯藏。
上层喇嘛和各部落首领则是当地的统治阶层，元末明初，这里地方政权分立，教拳也不统一，明朝建立后，设计师南迦巴藏卜来朝明太祖朱元璋封他为炽盛佛宝国师，并按其所提供的地方官员名单授予不同的职位，明朝还在西藏建立指挥司等军政管理机构，任命高层僧侣和各寨寨官为长官赐予印信。
1407年，明政府命川藏诸族修通了，从今天四川雅安到乌斯藏的驿道，沿途设置驿站，西藏与内地的交往更加便利了。
明处西藏喇嘛教派分为白教花教红教等。
后来，藏族僧侣宗喀巴在西藏创立格鲁派，这一姓教派的僧侣要戴黄帽，所以俗称黄教。
黄教主张戒律学行并举，不与世俗政权，因而得到西藏贵族的欢迎和支持，势力日增。
1409年，宗喀巴在拉萨举行法会，参加僧众多达8000人，明成祖朱棣派遣使者征聘送卡吧。
宗喀巴派弟子释迦也失赴京朝见，明成祖风湿家也施伟大国师，按照宗教说法，宗喀巴死后由他的两大弟子世世传是传其衣钵，这两大弟子后来被追称为一世达赖和一世班禅，这便是达赖和班禅转世制度的来历，1581年，达赖上书明朝内阁首辅张居正，请求承认他在西藏所取得的地位，并如期通贡，明朝政府批准了他的请求。
随着明朝政府对西藏管理的加强，西藏和内地的联系更加紧密，西藏喇嘛和官商来京的人数不断增加，明朝政府还根据西藏人民的生活需要，与藏族进行茶马互市。
汉，藏两族人民在护士中互通有无，取得了良好的效果。
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