公元前213年，秦始皇嬴政宴请文武群臣于咸阳宫。酒过三巡，大臣们开始众说纷纭，基本上都是奉承秦始皇的话。
其中首席博士周青臣站出来讲了一番话：“陛下，您太伟大了。”
“陛下，您兼并了全国，统一了天下。您统一了文字，您是自古以来最伟大的君王。”
秦始皇当然知道大臣们都是讲好听的，但心里依然高兴得不得了。正当始皇得意之时，博士队伍里站出一个人，此人名淳于越，他走到始皇面前，略带醉意，说：“皇帝确实做了很多事情，但是皇帝有一件事情没有做好，就是没有分封自己的王子去到各地做诸侯王。”
秦始皇面露一丝不悦，大臣们也开始议论纷纷，淳于越全然不顾这一切，依然自说自话。
“我们知道在历史上有一个齐国，齐国的国君原来是姜氏，但是后来田氏到了齐国之后，代替了姜姓的国君。假如我们秦帝国发生这种事，谁来捍卫中央政府？假如我们分了同姓诸侯王，这些诸侯王就会保卫中央政府，如果我们现在不封诸侯王，将来出现田氏代齐的事件，那么将会无法挽回。”
“办事不学习古代经验而长期统治的朝代，我还没有听说过。”
周青臣说了一番歌颂秦始皇的话，紧跟着出来另一个博士淳于越又说了一番批评秦始皇的话，二者争论的焦点是要不要分封，是分封好还是郡县好？
这时，站出来一位重臣，他就是李斯，他开始反驳淳于越，说他简直是胡说八道。
一旦实行了分封制，将来会导致国家的内乱，会出现许许多诸侯之间的争斗。
李斯的表态很明显是坚决赞同秦始皇的郡县，赞同周青臣的说法，反对淳于越的建议。
但是李斯在表完这个态之后，他又提出，皇帝陛下已经下令实行郡县制，否定了分封制，现在还有人大肆吹捧分封，博士中间之所以会出现这种不同的声音，原因就在于有些人读书读得有问题。
秦始皇听后觉得李斯说得很在理，将此次争论全权交于李斯处理，这样一来就没有淳于越什么事了。
李斯建议将之前六国的史书，包括诸子百家的诗书一律烧毁，只得保留秦史，以及医学，农牧等技术类书籍。今后如有人再读先前的史书，再敢议论朝政，一律处死。以古非今者，族。
秦始皇一声令下，把李斯的建议写成诏书颁行天下，这便是鼎鼎有名的焚书令。焚书令的执行，成了中国历史文化的一场空前的浩劫。
但另一方面看，秦始皇“焚书”，并不是要毁灭文化，烧光书籍。他“烧是为了统一思想”(鲁迅:准风月谈》)。他只是要烧除秦国史书以外的各国史书和民间私藏的《诗)、《书)、诸子百家等。所有的“医药、卜、种树之书”也明确规定不烧。因此可以肯定，秦始皇焚书是有限的。
晚年的秦始皇，特别怕死，所以他一直都对求长生不老药执迷不悟。民间有一些方士自称能练得长生不老药，其中比较受宠的方士有侯生和卢生等人。这两人奉秦始皇之命寻找长生不老药，但由于办事不力，所以受到了秦始皇的责罚。
正因如此，这两个方士便在民间到处散布秦始皇的坏话，说秦始皇刚愎自用，自以为是，听不得别人的意见，然后两人还逃跑了。
纸终究包不住火，后来有人把这件事告发了，侯生和卢生在背后的议论，涉及到秦始皇的方方面面。这些话传到秦始皇耳中，使得始皇大怒，于是下令把侯生和卢生抓起来。在审讯过程中，侯生和卢生也是因为怕死，又供出了很多当时在场的人，一级接一级，越株连越多，最后抓了460人。秦始皇一怒之下，最终把这460人全数坑杀，以示君威。以此来看，此次“坑儒”事件，并非滥杀无辜。
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