在传教士和洋医生没有来中华之前，医道就是医道，医术就是医术，无所谓“中”不“中”的。同样是治病救人，但是中西两套体系有着很大的差别，于是“中医”这个概念就被提出来了，专门用来区分“西医”。其具体内涵包括三个方面，一是“中国的”，二是“古代的”，三是基于传统文化的。分别从地域、时间、主导思想三个方面进行了区分。
地域很容易理解，中国人脑子里只有两个概念，一个是中国的，一个是外国的，因为西医主要是从欧美传过来的，当然东洋日本的医生也是跟西方学的，总之外来的、不是土生土长的统统都归到“西医”这个概念中了。
从时间角度来说，可以说在“显微镜”发明之前，中医是全面领先全世界的。现代西医是在自然科学高度发展的近代逐步建立起来的，主要理论基础是细胞学说、解刨学、生物化学、分子生物学等等。中医的理论基础是阴阳五行、运气精气、气血经脉等等。我们可以发现一个很明显的差异，中医更偏向“文科”，多采用社会人文的思维来考虑病因病理，西医更偏向“理科”，多采用自然科学是思维来思考病因病理。西医治病更倾向于“实验室里”的理性工作，更中医更偏向人情世故中嘘寒问暖。中西医学的差别虽然是方方面面的，但总体表现出来的是文化上的差异，而不是治病救人效果上的差异，从“术”的角度来说，中西是可以互促互补的。
中医早在原始社会就存在了，即使是动物，在受伤后也会采取一些措施。故此有学者认为中医伴随着人类进化的历程而积累经验，到了春秋战国时期，人类迎来第一次“思想大解放”，关于宇宙万物的各种理论都逐步形成系统的认知，并开始著书立说系统地表达自己的认知。中医的理论基础也是在这个时期奠定的，但是我们不能忽略了再此之前，丰富的行医经验积累。
对于具体是医疗有了丰富的经验，对宇宙人生有了高度思考，于是早期的医家就开始思考著书立说这个问题了。一般学界公认现存最早的中医理论理论著作是《黄帝内经》，后来在一些战国墓葬中也发现了一些医书，显然《黄帝内经》不是最早的医术理论著作了，于是又被表述为“最早最系统的医学著作”。这本书标志着古人行医从经验提升到了理论指导下的实践，标志着中医理论的形成。
据考证《黄帝内经》成书与西汉，一般认为是在《史记》之后，《汉书》之前这个时间段整理出来的，其中也有一些篇章早在先秦时期就已经在流传了，后被整理到《内经》当中。在《灵枢》是现代代中医中经络学、针灸学的理论源泉。《素问》中系统介绍了阴阳五行与人体的脏腑的关系，对生理、病理、脉象等有深刻的阐述。这种医学知识一般认为是来源于对人体、病体的直接观察和结合当时流行的宇宙万物理论进行整体上的思考。脏腑是人的一部分，人又是天地的一部分，人体内的阴阳平衡跟传统文化中的“和”有着极大的思想渊源。
中医理论的第一阶段托名于黄帝，第二阶段托名于扁鹊。扁鹊相传是黄帝时期的著名医生，战国时期有个秦缓，因医术高明被世人称之为扁鹊。战国时期这个扁鹊擅长诊脉法、针砭法，其著作《扁鹊内经、外经》均已失传。奇怪的是后世托名为《黄帝八十一难经》的，很多人认为是扁鹊所作，当然这是缺乏历史依据“传说”。《难经》大约成书于东汉时期，三国事时期吴太医令吕广曾注《难经》。这本书通过对话问答的形式，对《黄帝内经》中的理论框架进行了系统的填充。是中医理论的具体化，其中提到的奇经八脉、三焦和命门为后世所传承。
中医理论发展的第三个阶段托名于神农，即《神农本草经》。这是一本药理学，也并非一人一时之力完成的，而是总结归纳了前代所有关于药物及其疗效的记载有三百多种，其中通过现代医学论证书中所记药效和症状对应的大约有一百七十多种。其中还论述了关于用药剂量、时间上的一些理论为后世医学所继承，“辨证施治”是这本身的思想精华。这个很容易解释，比如西医感冒就开感冒药，这是按照流程和规范治病的，中医非要通过望闻问切搞清楚风热、风寒还是暑湿，因为不同原因导致的感冒药用不同的药方来治疗。
后面的发展就比较清晰了，张仲景著作《伤寒杂病论》，后人整理成《伤寒论》和《金匮要略》。前者主要针对我们现在所说的“外科”，后者主要说的“内伤”。有学者认为从张仲景开始方药治病开始流行，在此之前似乎是针砭更为流行，我们从一些历史小段子中也能窥其大概。虢国太子起死回生，扁鹊用的就是针砭之法。更张仲景起名的神医还要我们耳熟能详的华佗，他是著名的外科医生，发明了麻沸散，之所以在理论界不如张仲景，吃亏就吃在没有相关的理论著作传世。
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