1940年，时任江西省政府主席熊式辉在江西兴办了“国立中正大学”，希望由本省籍德高望重的学者出任校长，经江西籍学者吴有训、程孝刚等人的再三劝荐，1940年10月，胡先骕赶赴江西省泰和县杏岭就任国立中正大学首任校长，全校设有政治、文学艺术、理、工、农五个学院11个学系和行政、师范、税务三个专修科。胡先骕在就职演说中提出其办学宗旨：“本校所负任务为阐扬三民主义之真谛，并针对国家和社会的实际需要授诸生以实务中必需之知识，力行以求知。”
国立中正大学校门
国立中正大学诞生于抗日战争硝烟和炮火之中，校名取“大中至正”之意，也契合当时抗日领袖蒋介石的名字，校长胡先骕在“名人名校”的构想之下，面向全国招贤纳才，以其人格魅力和学术影响力，吸引了许多德高望重、学富五车的教授来校任教。尤其是江西省籍的学者和教授，在爱乡爱国的热忱之下，纷纷放弃原有的优越工作条件，应聘到国立中正大学任教，以报桑梓养育之情。
1944年4月，胡先骕辞职离任时，国立中正大学的“名师教育”实勘与国内诸多名校相媲美。此时校本部已拥有专职教师203人，其中教授46人，副教授39人，讲师58人，助教23人，经过全体师生的共同努力，中正大学很快就跻身一流学府的行列，成为全国19所国立大学之一，被誉为民国发展最为迅猛的国立大学，中正大学的许多学科也成为全国高校的翘楚。
胡先骕以其威望和地位巧妙地周旋于国民党军政要员之中，极力阻止国民党军警力量进入学校逮捕进步学生。当时江西三青团头目到学校演讲，利用学生的抗日热情，极力鼓噪学生参加青年军。而胡先骕则在讲话中主张说：“打仗是军人的天职，而学生则应以学习为主，大学生在校的主要任务是学好科学技术为国家服务，学校和教师当极力教育读书不忘救国，不忘雪耻图强，忧国爱民，振兴中华，至于学生是否参军完全靠自愿，此乃人各有志，不可强求。”
1942年1月，西南联大学生掀起倒孔（祥熙）学潮，事件很快就波及到中正大学，进而引起政府当局的不满，时任教育部长陈立夫和新任江西省主席曹浩森指责胡先骕督导学生不力，并多次要求胡先骕要严惩肇事学生，而胡先骕则始终坚持以教育为主，可进行深刻反省而不作严厉处理，并以辞职相要挟，以此保护学生。
胡先骕在其任期内，曾三次提出辞职，最终于1944年4月18日辞职离开中正大学。胡先骕的继任者是小他3岁的肖蘧，肖蘧是著名的经济学家，毕业于康内尔大学和哈佛大学，肖蘧也是江西籍人士，曾任南开大学和清华大学教授，当时中正大学学生曾发起“留胡倒肖”签名活动，被胡先骕训话制止，力陈肖蘧博学宏识，才华卓懋，可惜的是，肖蘧在中正大学校长任上去世，国立中正大学从1940年建校到1949年消亡，存世不足10年，历经两任校长，1949年以后，这所在抗日战火中成长起来的江西省最高学府被拆分。
抗战胜利之后，胡先骕又被国立中正大学农学院生物系特聘胡先骕为研究教授，1946年7月，胡先骕赴庐山参加江西教师暑期学术讲习会，主讲了《生命的意义》、《思想之改造》、《教育之改造》、《政治之改造》及《诗的技术与内容》等讲座，上述讲座内容皆出自胡先骕《中华民族之改造》一书，这本书是胡先骕挂冠中正大学校长之后，愤政治之颓败、道德之沦丧，哀社会之黑暗、世风之日衰而作，从思想、政治、教育、经济等几个方面阐述改造之内容。
适逢蒋介石也在庐山，蒋介石闻听胡先骕在庐山讲学，欲召见胡先骕共商高等教育之事，胡先骕闻之，遂提前下山，以躲避蒋介石的召见，胡先骕能够婉拒一国领袖之召见，无论在国内还是在国外都是十分罕见的行为，但这也足以表明胡先骕不媚权贵的傲骨。
1947年10月，胡先骕辞去国立中正大学教职，带领部分静生生物研究所职员迁回北平，致力于恢复“静生生物调查所”的工作，胡先骕四处奔波交涉，才逐渐收回被散失的仪器、图书、标本和办公等物品，经过重新整顿之后，“静生生物调查所”才恢复战前的状态，胡先骕继续主持调查所的科研工作。
1947年底，曾是中国科学社生物研究所植物学研究院员，时任中央大学教授兼森林系主任郑万钧，给胡先骕寄来一不知名植物的枝叶、球花和幼球果，请老师帮助查阅文献进行鉴定。早在1945年，郑万钧根据当时中央林业实验所技正王战在四川万县磨刀溪采得“水杉”的枝叶标本和球果进行过研究，认为该种植物既不是水松，也不是北美的红杉，而是一个不知名的新属种，为了慎重起见，1946年，郑万钧又派中央大学森林系技术员薛纪如两次前往四川万县磨刀溪采集到比较完整的枝叶、花和球果标本。郑万钧对这些不知名的标本进行了认真的研究和考证，因资料所限，也没能得出结论，遂将标本和自己的研究过程一并寄往北平，委托老师胡先骕对标本进行考证。
胡先骕根据标本反复研究并核查文献，从文献中发现郑万钧所寄来的植物标本与日本大阪大学古植物学家三木茂博士在日本第三纪地层中发现的化石种形态相同，应属同一种植物，胡先骕和郑万钧共同深入研究之后，遂发表了《水杉新科及生存之水杉新种》论文，将这些植物标本命名为“水杉”，学名为：Metasequoia glyptostroboides Hu et Cheng，并将“水杉”的发现过程、考证依据等撰写成论文，1948年论文发表后，立即在国际学术界引起了巨大的轰动，被认为是世界植物学界的重大发现之一，是中国科学家对世界的伟大贡献。
“水杉”发现的科学价值，在于它是一种“活化石”，其祖先在距今0.65—1亿年前，广泛分布于北半球北纬35°—80°地区，当时至少有10种，由于近200万年来，北半球发生多次冰川，古水杉几乎灭绝，而仅剩此一种幸存与中国川鄂边境一带。因此国际上许多古植物学家只见过水杉化石，而不知还有活的水杉遗存下来。
水杉是中国珍稀孑遗树种，树势高大挺拔，树姿优美，适应性很强，除不耐干旱外，适合生长于温带气候和土壤且生长迅速。由于水杉在植物分类系统上介于杉科和柏科之间，故在植物学上另新立水杉科。
水杉树
针对“水杉”的发现和研究，胡先骕等植物学家撰写和发表了一系列关于水杉方面的研究论文，中国科学家发现植物活化石水杉的消息，也吸引了世界各国植物园纷纷来函索要水杉的种子，或派遣科学家来中国考察，由于水杉的适应性很强，这一古老的历史遗存，其踪迹现在已经遍布世界各地。
1948年3月，胡先骕当选为中央研究院院士，而他所创立和领导的“静生生物调查所”已经整整经历了20个春秋了，这是一个在国际上享有声誉的研究所，也是一个颇具规模的科研机构，馆藏的动植物标本达20余万号，发表论文280余篇，出版了《中国森林树木图志》、《中国植物图谱》、《中国蕨类图谱》等学术专著，为中国培养了一大批造诣深厚的植物学家，而胡先骕功不可没，历史将永远铭记这位伟大植物学家的历史性贡献。
1949年是中国历史的转折之年，55岁的胡先骕选择留在了北平和他亲自创建的“静生生物调查所”。而时任华北剿总司令傅作义将军之所以能够选择和平的方式解放北平，胡先骕也曾起到一定的积极作用。
1950年，静生生物调查所与北平研究院植物研究所合并，成立了中国科学院植物分类研究所，所长一职由著名植物学家钱崇澍担任，胡先骕则被聘为一级研究员。
胡先骕根据多年的积累和研究，撰写并发表了学术专著《被子植物分类的一个多元系统》，他对被子植物的亲缘关系作了重要革新，不仅在目与科的排列上有重大的变更，而且对若干科的分合也有新的建置，他还整理出一幅“被子植物亲缘关系系统图”，他的这部学术专著，是建国以后的首部专著，也弥补了中国植物学史上的一项空白。
1951年，胡先骕继续在北京师范大学生物系兼授植物分类学之外，把全部精力都集中在植物分类学的研究上，并努力使教学和科研相结合。胡先骕根据对近代植物学、解刨学和分类学的研究，创建了多元植物分类系统，并提出著名的被子植物出自多元的分类学系统理论，先后编写了《种子植物分类学讲义》、《中国植物分类学》、《经济植物学》等著作。
1952年，胡先骕奔赴朝鲜战场，调查和收集美军实施细菌战的证据，经过他的调查取证，美军投放的沾有病菌的松树枝叶等植物均分布于南朝鲜境内，而不是分布于朝鲜北部地区和中国东北境内的植物。由于胡先骕对植物分类与植物地理学造诣很深，在国际学术界素负重望，各国科学家和政界人物都认定胡先骕的鉴定结论绝对真实可靠，胡先骕以大量的事实和证据链，揭露了美军在朝鲜境内所实施的细菌战，致使美军无法抵赖。
1952年暑期，全国高等院校进行了大规模的院系调整，北京师范大学另迁新址，胡先骕结束了在北京师范大学的授课，也就此告别了他数十年的教育和教学生活，开始专心致力于科研工作。1953年，中国科学院植物分类研究所又更名为中国科学院植物研究所，胡先骕继续担任研究员。
1955年，高等教育出版社出版了胡先骕编写的《植物分类学简编》，这部教材是胡先骕应邀为师范学校和农林院校编写的入门级植物学教材，该教材内容详实，并附有164幅精美插图，是一部比较理想的植物分类学教科书。
《植物分类学简编》出版不久，却引来了对胡先骕的一场批判，因为书中有胡先骕对苏联农业科学院院长李森科《关于生物学种的新建解》一书的评论，胡先骕针对李森科的“小麦变黑麦”的论点进行了科学的批判，指出李森科的论点是伪科学，是不符合现代遗传学理论，也是反达尔文演化学说的非科学理论，并指出“李森科的错误见解之所以能风行一时，是由于政治力量的支持。”在当时向苏联“一面倒”的政治形势之下，胡先骕的评论和批判显得异常另类，被上纲上线予以批判，但倔强而傲骨的胡先骕对所有一切批判之词置之不理，始终未承认自己的学术观点有任何错误，但胡先骕的一级研究员却被降为三级研究员。
不合时宜的胡先骕为此也付出了惨痛的代价，1955年和1957年，中国科学院评选学部委员时，胡先骕两次被提名，但最终结果却都落选了，素有“中国植物学之父”声誉和宗师地位的胡先骕，却没能入选中国科学院学部委员，应该不是胡先骕的不幸，而是中国科学界的遗憾，因为无论胡先骕当选中国科学院学部委员与否，胡先骕在中国植物学界的历史地位和历史性贡献都是不可动摇和磨灭的。
1956年初，胡先骕上书中央，建议在全国高等院校恢复讲授美国著名生物学家摩尔根学派理论。1956年4月，毛泽东主席提出了“百花齐放、百家争鸣”的方针，为了贯彻落实最高领袖的指示，中国科学院和高等教育部联合在青岛召开了全国遗传学座谈会，不同学派在会上各抒己见，对不同学派之间的论争进行了慎密而科学的讨论。
1956年下半年，胡先骕应邀列席了中央政府最高国务会议，听取了毛主席所作的《关于正确处理人民内部矛盾》的报告，在这次会议上，毛主席说：“谈家祯、胡先骕关于在大学恢复讲授摩尔根学说的建议，有利于学术上贯彻‘双百’方针。”很快全国高等院校恢复或开设了摩尔根学说的讲授，1956年9月，胡先骕应上海复旦大学邀请在生物系举办摩尔根理论学说的专题讲座。这一年，胡先骕的三级研究员又被恢复为一级研究员。
1957年，中国知识分子进入一个特殊的历史时期，在反右派高潮中，时任中宣部部长陆定一在一次讲话中说了一句：“胡先骕应是不用戴帽的右派。”仅凭这一句话，胡先骕的文章在很长一段时间内不被国内期刊发表。
1959年，中国科学院开始组织《中国植物志》的编写，这是胡先骕二十多年的夙愿，为此他投入极大的热情，亲自主编《桦木科》和《山茶科》的编写工作。
1960年5月25日，胡先骕将一生所作诗稿，请其好友钱钟书代为选定，共得诗294首，逐年编次，分为上下两卷，印成线装集，书名为《忏庵诗稿》，书后附有钱钟书的短《跋》，《跋》云：“挽工力大，琢玉功深。登临游览之什，发山水之清音，寄风云之壮志，尤擅一集胜场。丈论诗甚推同光以来乡献，而自作诗旁搜远绍，转益多师，堂宇恢弘。谭艺者或以西江社里宗主尊之，非知言也。承命校读，敬书卷尾。庚子重午，后学钱钟书。
胡先骕的诗文功底深厚，其一生所作诗文甚多，早在青年时代，每遇一事或旅游一处，即以诗词表述，与诗坛友人往来频繁，其深厚的文史学养丝毫不逊色于文史大家。著名国学大师陈寅恪之父、晚清著名诗人陈三立对胡先骕的诗极为赞赏，评价是“意、理、气、格俱胜”。通过阅读胡先骕的《忏庵诗稿》，即可知晓作者一生所经历的重大事情和重大科学发现。
1961年初，胡先骕为纪念植物活化石“水杉”的发现，满怀激情地写了一首500余字的科学诗——《水杉歌》，他将科学研究成果与诗的艺术境界融为一体，尽管这是一首颇具特色的科学诗，但没有报刊敢于刊登发表，有人建议他寄给副总理兼外交部长陈毅校正，陈毅阅读之后，在诗稿之后，写下如下评语：“胡老此诗，介绍中国科学上的新发现，证明中国科学一定能够自主且有首创精神，并不需要俯仰随人。诗末结以东风伫立看压西风，正足以大张吾军。此诗富典实，美歌咏，乃其余事，值得讽诵。”陈毅还特邀胡先骕赴中南海面叙，随后将诗稿推荐给《人民日报》，1962年2月17日，《人民日报》发表了《水杉歌》和陈毅的“读后记。胡先骕与陈毅这一段诗坛佳话，曾一度改善了胡先骕的政治待遇，这是科学界许多人没有想到的。
1963年是中国植物学会成立30周年，中国植物学会在北京友谊宾馆举行纪念大会，中国植物学界从业学者从各地云集北京，其中大部分都是胡先骕的弟子和学生，有些甚至是学生的学生。与会人员借此机会拜唔当年的师长，谈论学术回忆当年。但就在这次年会后不久，胡先骕因劳累而心脏病复发，经住院治疗近两个月才转危为安，却从此患上了严重的失眠症，这让他痛苦不堪，虽然如此，他依然夜以继日《中国植物志》的编写工作。
1966年5月，史无前例的无产阶级文化大革命开始，灾难很快就降临到胡先骕的头上，当年8月，胡先骕全家就从一幢近300名米的住宅被驱赶到一间约10平米的斗室，其一生所收藏的图书、资料以及尚未发表的研究成果，统统被作为封资修的东西损毁，散失殆尽，片纸不留，胡先骕的身心遭受巨大打击。
胡先骕晚年照
已过古稀之年的胡先骕，经常被各类造反派揪出批斗或陪斗，被肆意人身攻击和羞辱，其人生面临一种叫天天不应叫地地不灵的绝望境地，每天都处于一种忧愤交集的状态之中，最终因突发心肌梗塞，于1968年7月16日晨在北京逝世，享年74岁。
1979年5月15日，在胡先骕逝世11年之后，中国科学院及植物研究所在八宝山革命公墓大礼堂举行隆重的悼念仪式，实事求是地评价了胡先骕的一生。
1984年，中国科学院、江西省科委和庐山植物园在庐山植物园的松柏区水杉林内，建造了胡先骕陵墓，并于7月10日举行了胡先骕骨灰安放仪式，在外漂泊一生的胡先骕，终回故里安息。庐山植物园为胡先骕树立了一块石碑，碑文如下：
“胡先骕（1894—1968）先生，江西新建县人。早年两次留学美国，二十四岁任教授，是我国著名植物分类学家，我国近代植物学重要奠基人之一，庐山植物园创始人。一生共发表论文一百五十余篇，出版书籍近二十册，培养了大批植物学人才，他和郑万钧共同发表的水杉论文，曾轰动全世界，是近代植物学界重大发现之一。”
胡先骕之墓
20世纪的江西，曾产生了两位学术大师，一个是陈寅恪，另一位就是胡先骕，陈寅恪仅比胡先骕年长4岁，他们是同时代的风云人物，二人性格相似，人生命运也近乎相同，最终都归宿庐山植物园这一风水宝地，所不同的就是，陈寅恪是国人家喻户晓之人，而胡先骕则是被历史遗忘之人。
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