很多影评人在提到《湮灭》时，总喜欢和《降临》或者《机械姬》进行比较。《机械姬》作为导演加兰的前作，被很多中国观众所喜爱，虽然电影讲述的是一个在“科幻界”非常俗套的内容——图灵实验，但因为导演对人物心理变化的细致探寻以及结尾伊娃杀死自己的创造者并把迦勒囚禁在实验舱，最后自己走向人群给观众带来的恐惧感和对人工智能的思索，还是让不少人称赞这是2015年的科幻最佳；《降临》和《湮灭》总体感觉很相似，都突破了一般科幻作品中外星生物和人类二元对立的关系表述，而且都对“时间”这一概念进行了阐释，在《降临》中，外星生物来地球是为了向人类寻求帮助（虽然是3000年后的帮助），而《湮灭》则是提出了外星生物和人类的一种全新关系——融合重构。
影片采用非线性叙事的手段，虽然是把三条时间线（莉娜在审讯室接受询问、在X地区进行探险的回忆以及和丈夫相处时光的回忆）进行了交叉剪辑，但最主要的时间线还是在X地区进行勘探的过程，所以比起诺兰的《敦刻尔克》，《湮灭》还是好理解的多。
女主角莉娜是个细胞生物学家，丈夫为执行一项神秘任务已经一年没有回家（一位黑人同事一直安慰莉娜，暗示两人关系）。突然有一天，丈夫回来了，莉娜询问丈夫关于任务的事情，但是丈夫却显得非常冷漠，让莉娜刚刚燃起的欣喜之情迅速被浇灭。然后，丈夫就晕倒了，再然后，他们在去医院的路上被一群人“劫持”了，被带到一个研究基地。
在基地，莉娜遇见了文崔斯博士（心理学家），文崔斯博士告诉莉娜，她的丈夫实际上是到一个被“闪光”笼罩的区域（X地区）进行勘探，三年间，他们派了很多队伍到X地区进行勘察，但只有她丈夫一个人活着回来了，现在“闪光”的范围在不断扩大，但他们还不知道“闪光”究竟是什么。说了这么多，文崔斯博士实际上就是说服莉娜加入自己的探险队，一起进入X地区探明真相。因为背叛丈夫而心怀愧疚的莉娜答应了文崔斯博士的邀请，同意和另外三位科学家一起组成“娘子军”进入了X地区。
除了莉娜和文崔斯，另外三位科学家分别是医务人员、物理学家和地理学家，都是在在专业领域十分有建树的“新时代女性”。因为这支队伍全部都是女性角色，所以很多人宣称这实际上是一部女权主义电影，不过认真看完电影就会发现，整部电影基本上和女权没什么关系，全部选择女性，可能是因为基地领导认为女性不会自相残杀（推荐领导看一下后宫戏，强烈安利《甄嬛传》）。另一个值得注意的点在于这五个女性角色都是“残缺”的，莉娜和黑人同事出轨，文崔斯患有癌症，医护人员性格阴郁暴躁有自残倾向，物理学家穿长袖遮掩身体和心灵上的创伤，地理学家失去女儿和亲人后找不到自我的存在。可以说这是人格的缺陷，但也正是因为这种缺陷才驱使她们下定决心进入X地区（进入前她们都知道自己凶多吉少）。
进入X地区也就意味着她们进入了一个封闭空间，这点和《机械姬》很像，也就是处于进退两难的境地，如果想活着出去，不管发生了什么，只能硬着头皮往前走。刚进入X地区，她们就发现了不寻常的地方：所有人仿佛都丧失了记忆，甚至连进入X地区几天都不记得了，花儿的颜色格外艳丽，同一朵花上的每一片花瓣都是不同的品种，明明是鳄鱼却长着鲨鱼的牙齿.......她们无法用自己已有的知识体系来解释这些匪夷所思的现象，团队间的恐惧感骤增。
在一座废弃的建筑中，她们找到了上一个探险队留下来的物品——一张储存卡，当看到储存卡记录的画面后，医护人员是最先崩溃的，她无法接受一个人直接剖开另一个人的腹部（她认为这是谋杀），更无法相信腹部里面如蛇一般蠕动的肠子。随后，她们在墙壁上看到了那个被剖腹的男人——男人被五彩斑斓的菌丝缠绕在墙上，只剩下骷髅呈现出一种扭曲的姿态。
五个人对X地区的恐惧愈来愈深，而且开始互相猜忌，莉娜因为一开始隐瞒了自己进队的原因而遭到威胁，团队里渐渐萌发出互相残杀的苗头。然而还没有等她们开始为了自己杀害别人的时候，物理学家和医护人员就都死于非命了，地理学家在心理上也无法接受所面对的现实，就变成了“植物人”。而文崔斯在团队起争执的时候就已经一个人背着包赶往灯塔寻找真相了，莉娜别无选择，只得一个人上路。
灯塔外面是一堆堆的骷髅，也就是说其实有很多勘探的人员已经到达了灯塔，但最后还是死了。莉娜进入灯塔，发现了一个洞口，洞里俨然是提前到达的文崔斯博士，不过却已经是一具尸体了。灯塔内的墙角还有一具尸体，通过观看摄影机里记录的画面，莉娜发现那具尸体正是自己的丈夫，而丈夫痛苦而又虔诚的遗言让莉娜开始明白了“闪光”的秘密。
刚刚领悟到“闪光”为何的莉娜很快就成了它的目标物，一个铜色的复制人正在快速的复制着自己的样貌，然后重复着自己的动作。明白了复制人的危险，莉娜迅速的拿到丈夫留下的磷弹，准备烧死复制人和这个巢穴，扔下磷弹后，莉娜又迅速的逃出灯塔，站在远处凝视。
琳娜烧毁灯塔后，“闪光”消失了，自己的丈夫也苏醒了，看起来似乎是非常完美的大结局。然而琳娜和丈夫的对话却又让人不寒而栗。琳娜肯定的对醒过来的丈夫说：你不是凯恩。而丈夫则用疑问的语气问：你是琳娜吗？
联系之前琳娜在灯塔看的视频可以知道，丈夫在死前对着镜头说的最后一句话是：去找琳娜。所以丈夫其实也是在对着自己的复制品在说话，醒过来的丈夫并不是丈夫本身。同样的，两人在对话的时候，眼神里都闪烁着彩光，也意味着琳娜的体内也有了外星生物的基因，或者说，在灯塔里死去的才是莉娜本身，而逃出X地区的实际上是她的复制人。
莉娜（或者说是她的复制人）逃出X地区接受问询时说：“我觉得它什么也不想要，它没有摧毁，它改变了一切，它制造了一些新的东西。”
对于外来的侵入体，我们会本能的抗拒，甚至想要毁灭，以此来保证自身的安全。但在《湮灭》中，我们很难说“闪光”是来毁灭人类毁灭地球的，它可能只是意外坠落地球，而且创造出了全新的“人”，他们将会永生，会不断的延续。
《湮灭》提供了一种新的关于科幻的形式和思考，或许对于未知，我们不需要恐惧，把恐惧转换成热爱，不管是宇宙还是清晨。
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