开皇元年二月十四日（581年），杨坚即皇帝位，建立隋朝，三天后即册独孤伽罗为皇后，从此夫妻呕心沥血为隋帝国的强大发展倾注了毕生的精力心智与心血，独孤皇后也是中国历史上罕见的对君主终生保持有强烈影响力的后妃。独孤皇后通达书史，聪明过人。每次隋文帝上朝，她必与之同辇而行，至殿阁而止，派宦官跟随而进沟通联络，“政有所失，随则匡正，多有弘益”。待到文帝下朝，她早已在等候，夫妻“相顾欣然”一起回宫，同起同居形影不离。在平常生活中，她一有闲暇便手不释卷，学问不凡。隋文帝对这位爱妻是既宠爱又信服，几乎是言听计从，宫中同尊帝后为“二圣”。所以，开皇年间的政治决策，很难分得清哪些是隋文帝的主意，哪些是独孤皇后的的主意，而她的政治影响力也不仅限于影响隋文帝而已。
高熲父亲原来是独孤信家的宾客，在独孤家落难时，高家依然和独孤皇后保持了亲密的联系，高熲的才干和品德都很得独孤皇后赏识，故大力推荐给隋文帝。所以，当隋文帝建隋之初，就立即委以重任。而高熲位居首辅十余年，经历多次政治风浪，始终履险如夷、不动如山，一个最重要的原因就是他有独孤皇后这一坚强靠山，以至隋文帝把他当家人看待。高熲地位的稳固，对隋朝具有重大的意义。换言之，高熲能够在复杂的政治局面下最大程度地施展抱负、发挥才干，固然有赖于他强大的个人能力，但是，独孤皇后在宫中的支持与协助，应当也是重要因素。
夫妻俩向来喜爱的次子晋王杨广，才智出众、素有抱负。杨广不仅在平陈统一战争中表现突出，之后在镇守江南期间为稳定刚刚统一的江南局势颇有成效、政绩突出。杨广“阴有夺宗之计”，苦心经营多年，他虽位高权重，但始终表现得作风简朴、不好声色、礼贤下士、谦恭谨慎，由此赢得了朝野赞颂和隋文帝夫妇的欢心。皇太子和晋王表现此消彼长的权衡下，独孤皇后终于狠下心来，利用自身强大影响力策动了开皇世的易储大政。上以动至尊视听，下以揽权臣智力，竭其权智终至完成其“外预朝政”的最大之作。
但她无法料到的是她和文帝寄予厚望的杨广事实上务功之心强烈。因其急功近利、刚愎自我、行政刚猛，虽成就了隋帝国四海之威、大运河流波千年，但同时内削勋贵造成统治阶级离心叛变、对外用兵无度威信大失、对下滥用民力群盗蜂起，从而导致富强的隋朝二世而亡，因此不少史家学者也把隋亡责任归咎给独孤皇后。
客观来说，虽然独孤皇后参与选择的太子杨广最终被历史确认未能担当起让大隋长治久安的重任，但是，他的失败主要是当上皇帝以后盲目追求发展速度，好大喜功的结果。他的这种性格，在当皇帝之前并未充分暴露。仅以当时的情况而言，独孤皇后和隋文帝选择杨广，其实并没有什么错误。 独孤伽罗易储是从为了巩固新的政权统治、维护本集团利益起点出发来考虑的,而不是一己之私。唐修《隋书》简单地将她的行为曲解为“心非均一，擅宠移嫡”的儿女私情，显然是不合理的。魏征在传论中批斥独孤后的逻辑起点乃在于李唐取而代之的隋炀帝杨广，杨广为帝自有其前后功过之辨，我们不能因为隋朝最后灭亡在杨广手中而以此作为贬斥独孤皇后的依据。
隋仁寿二年（602年）八月二十四日午夜，独孤皇后于永安宫奄然而逝，这对垂暮隋文帝的打击是毁灭性的，她的死标志着其大展宏图时代的结束。皇后崩年五十九，“年过五十不称夭”，在当时社会条件下也不算低寿。然而时年六十二岁，和她整整做了四十五年夫妻的隋文帝仍像个热血冲动的热恋少年，纵情而放肆地追怀着他深爱的妻子，其用情之深、思恋之苦，实在让人不忍卒读。
也许是皇后从病发开始起，隋文帝早已失魂落魄得人尽皆知。皇后刚刚去世，非常善于把握上意的著作郎王劭立刻上书安慰文帝称：皇后是圣德仁爱的观世音菩萨下凡，她的死亡只是在诸天神佛的迎接中归位而已。隋文帝读后，“且悲且喜”。另一位天竺高僧同样声称皇后是被诸神佛迎接到西方阿弥陀净土，悲喜交集的隋文帝激动之下赐物两千余段。这种数额的赏赐一般只有身死王事、忠义节烈立下巨大功劳的人才能得到。要何等深厚的恩爱之情，才会让他傻傻地用这种不经之语来麻醉自己。
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