美文网首页基因组数据绘图群体遗传学R
使用CMplot包绘制环形曼哈度图

使用CMplot包绘制环形曼哈度图

作者: Davey1220 | 来源:发表于2019-03-25 15:19 被阅读78次

    安装并加载所需R包

    # install.packages("CMplot")
    library(CMplot)
    

    基本用法

    CMplot(Pmap, col=c("#377EB8", "#4DAF4A", "#984EA3", "#FF7F00"),
          bin.size=1e6, bin.max=NULL, pch=19, band=1, cir.band=0.5, H=1.5,
          ylim=NULL, cex.axis=1, plot.type="b", multracks=FALSE, cex=c(0.5,1,1),
          r=0.3, xlab="Chromosome", ylab=expression(-log[10](italic(p))), xaxs="i",
          yaxs="r", outward=FALSE, threshold = NULL, threshold.col="red",
          threshold.lwd=1, threshold.lty=2, amplify= TRUE, chr.labels=NULL,
          signal.cex = 1.5, signal.pch = 19, signal.col="red", signal.line=1,
          cir.chr=TRUE, cir.chr.h=1.5, chr.den.col=c("darkgreen", "yellow", "red")
          , cir.legend=TRUE, cir.legend.cex=0.6, cir.legend.col="black",
          LOG10=TRUE, box=FALSE, conf.int.col="grey", file.output=TRUE,
          file="jpg", dpi=300, memo="")
    

    常用参数

    Pmap    输入数据文件
    col 设置不同染色体中点的颜色
    cex 设置点的大小
    pch 设置点的形状
    band    设置不同染色体之间的间隔
    H   设置每个圈的高度
    ylim    设置y轴的范围
    bin.size    设置SNP密度图中的窗口大小
    cex.axis    设置坐标轴字体和标签字体的大小
    plot.type   设置不同的绘图类型,可以设定为 "d", "c", "m", "q" or "b"
    multracks   设置是否需要绘制多个track
    r   设置圈的半径大小
    xlab    设置x轴标签
    ylab    设置y轴标签
    outward 设置点的朝向是否向外
    threshold   设置阈值并添加阈值线
    threshold.col   设置阈值线的颜色
    threshold.lwd   设置阈值线的宽度
    threshold.lty   设置阈值线的类型
    amplify 设置是否放大显著的点
    signal.cex  设置显著点的大小
    signal.pch  设置显著点的形状
    signal.col  设置显著点的颜色
    chr.labels  设置染色体的标签
    chr.den.col 设置SNP密度图的颜色
    cir.band    设置环状曼哈度图中不同染色体之间的间隔
    cir.chr 设置是否显示染色体的边界
    cir.chr.h   设置染色体边界的高度
    cir.legend  设置是否显示图例
    cir.legend.cex  设置图例字体的大小
    cir.legend.col  设置图例的颜色
    LOG10   设置是否对p-value取log10对数
    conf.int.col    设置QQ图中置信区间的颜色
    file.output 设置是否输出图片
    file    设置输出图片的格式,可以设定为"jpg", "pdf", "tiff"
    dpi 设置输出图片的分辨度
    memo    设置输出图片文件的名字
    

    加载并查看示例数据

    data(pig60K)
    head(pig60K)
              SNP Chromosome Position    trait1     trait2     trait3
    1 ALGA0000009          1    52297 0.7738187 0.51194318 0.51194318
    2 ALGA0000014          1    79763 0.7738187 0.51194318 0.51194318
    3 ALGA0000021          1   209568 0.7583016 0.98405289 0.98405289
    4 ALGA0000022          1   292758 0.7200305 0.48887140 0.48887140
    5 ALGA0000046          1   747831 0.9736840 0.22096836 0.22096836
    6 ALGA0000047          1   761957 0.9174565 0.05753712 0.05753712
    

    基本数据格式:

    前三列分别为SNP的名称,所在染色体,SNP的位置,
    后面每列为不同性状的P值,每个性状单独一列

    默认绘图(分别绘制出SNP密度图,曼哈顿图,环形曼哈顿图和QQ图)

    CMplot(pig60K)
    
    1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg 5.jpg 6.jpg 7.jpg 8.jpg

    单独绘制SNP密度图

    CMplot(pig60K,plot.type = "d",bin.size = 1e6, col = c("darkgreen","yellow","red"))
    
    9.jpg

    绘制单性状曼哈顿图

    CMplot(pig60K,plot.type = "m",threshold = c(0.01,0.05)/nrow(pig60K),threshold.col=c('grey','black'),
           threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T,
           signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"))
    
    10.jpg 11.jpg 12.jpg

    绘制多性状曼哈顿图

    CMplot(pig60K,plot.type = "m",threshold = c(0.01,0.05)/nrow(pig60K),threshold.col=c('grey','black'),
           threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T, multracks = T,
           signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"))
    
    13.jpg 14.jpg

    绘制环形曼哈顿图

    CMplot(pig60K,plot.type="c",r=0.5,threshold=c(0.01,0.05)/nrow(pig60K),cex = 0.5, 
           threshold.col = c("red","orange"), threshold.lty = c(1,2),amplify = T, cir.chr.h = 2,
           signal.cex = c(2,2), signal.pch = c(19,20), signal.col=c("red","green"),outward=TRUE)
    
    15.jpg

    绘制单性状QQ图

    CMplot(pig60K,plot.type = "q",threshold = 0.05)
    
    16.jpg 17.jpg 18.jpg

    绘制多性状QQ图

    CMplot(pig60K,plot.type = "q",multracks = T, threshold = 0.05, threshold.col = "orange",
           amplify = T,signal.cex = 1.5, signal.pch = 20, signal.col = "red")
    
    19.jpg 20.jpg

    相关文章

      网友评论

        本文标题:使用CMplot包绘制环形曼哈度图

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/hwnvvqtx.html