弘治十五年来，王阳明心生一念，即修炼习定为“簸弄精魂，非道也”。弘治十六年（1503年）2月，王阳明断然放弃道术修炼，走出阳明洞，上报朝廷移居杭城养病。
在去杭城途中，王阳明访问了绍兴梅山本觉寺、萧山牛头山之牛峰寺。以致3月才到达杭城，寓居于南屏山净慈寺，专心研读佛经，频繁往来于南屏、虎跑诸佛教名刹之间，访禅问道。
早在阳明洞中修炼之时，王阳明便悟出，抛弃念亲就是断灭“种姓”的道理，通过这段时间参经修禅，王阳明将自己的种姓说与佛家的种姓说融合了起来。佛家所谓种姓，即正涅槃之种也。我理解种性就是佛性，佛的本性。
王阳明进步神速，禅悟已经达到了很高的境界。有坐僧三年不语不视，王阳明走过去喝道：“这和尚终日口巴巴说甚麽！终日眼睁睁看甚麽！”坐僧惊起，向王阳明求示心要。王阳明询问其家庭情况，坐僧回答说，家中尚有老母。王阳明又问，“思念你母亲吗？”坐僧回答说，禁不住不思亲之念。王阳明就教训他说：“此念，人之种性。若果可断，寂灭种性矣。”僧泣谢，第二天便回老家去了。
王阳明就这样将儒家的人伦与佛家的种性统一了起来。
但是，从王阳明当时所写的诗看，在杭期间，王阳明并没有完全放弃尹真人传授的导引修炼法。可见其沉溺之深，不是想断就能断的。
王阳明虽然只是一个病假在家的京师主事级中下官员，在杭期间，本地和外地的达官、名士、名僧，纷纷主动与其交游、论学。可见，王阳明在儒、释领域都已享有较高的地位。
浙江布政使毕亨（字嘉会），器识英迈，好学多问，有古大臣风。率众游西湖诸峰，王阳明在同游者之列，并与主人诗歌唱和。
时任杭州知府杨孟瑛，颇有政声，组织疏浚西湖，修筑了著名的杨公堤。杨公少时曾在家乡丰都平山脚下读书，他的父亲杨大荣又是是丰都第一个进士，现在成为一方大员，便在家乡创办了平山书院。书院建成后，请王阳明作《平山书院记》。
南京户部主事朱应登来杭，顺道拜访王阳明，两人共登越王台。朱应登，字升之，号凌溪，与王阳明同年进士，恃才傲物，列“弘治七子”、“四大家”、“江北四子”、“十才子”。
吾谨，字惟可，号了虚，“四才子”之一，博学多才，少嗜佛老，悦清虚高旷之论。八月造访，谈性命虚灵之说，阳明正之以体用一源之学，谓“才说性时，便已不是性。孟子所谓性善是继之者，非本然之性也。”
慈云寺禅诗也宴请王阳明，王阳明回书答谢。
徐霈（字孔霖，号东溪）慕名问学于王阳明门下。
六月，王阳明移居万松岭，游灵隐寺，七月作诗感怀：
山中立秋日偶书
风吹蝉声乱，林卧惊新秋。
山池静澄碧，暑气亦已收。
青峰出白云，突兀成琼楼。
袒裼坐溪石，对之心悠悠。
倏忽无定态，变化不可求。
浩然发长啸，忽起双白鸥。
在诗中，王阳明看似云淡风轻，内心实则已萌生复出之意。
九月，王阳明从杭城回绍兴，经萧山，重游浮峰寺、湘湖曹林庵、觉苑寺等。
到家后继续养病，浙江按察副使赵宽邀请王阳明重阳节同游稽山堂。阳明病体难支，未能赴约，病好后王阳明前往拜访赵宽。
绍兴知府佟珍（字时贵）新建成粮食储备仓，王阳明为之作《新建预备仓记》。后来，佟珍却因此后被人污私取粮银，罢归。
当时绍兴发生旱灾，佟知府数派同知和各县县令前往向王阳明请教求雨之术。
王阳明答复说：“孔子云：丘之祷久矣。盖君子之祷不在于对越祈祝之际，而在于日用操存之先。...然而暑旱尚存而雨泽未应者，岂别有所以致此者欤？古者岁旱，则爲之主者减膳撤乐，省狱簿赋，修祀典，问疾苦，引咎赈乏，爲民遍请于山川社稷，故有叩天求雨之祭，有省咎自责之文，有归诚请改之祷。...未闻有所谓书符咒水而可以得雨者也。...一二日内，僕亦將禱於南鎮，以助執事之誠。執事其但爲民悉心以請，毋惑於邪説，毋急於近名。天道雖遠，至誠而不動者，未之也有！...夫民之所賴者神，神之食於兹土，亦非一日矣。今民不得已有求於神，而神無以應之，然則民將何恃？而神亦何以信於民乎？”
王阳明的这篇答书精辟入里，破除了神秘的符咒之迷信，道出了古代祭祀祈祷的本质。
王阳明随后往南镇庙祈祷求雨，作《南镇祷雨文》。
在这一年里，王阳明的父亲王华屡获升迁。3月，王华修成《大明会典》，升任詹事府少詹事。5月，王华奉旨修撰《通鉴纂要》。6月，荣升任礼部右侍郎，仍兼日讲。10月，奉命祭江淮诸神，顺便请假探亲。
经赵宽推荐，王华选定徐爱为女婿。时赵宽以按察副使提督学校，而徐爱为绍兴府学学生。
11月，王阳明送父亲至苏州，游玄墓山、天平山、虎丘，作《四皓论》。文章认为，羽翼太子的四皓不是真正的商山四皓，乃张子房借名之谋，以止汉高祖废太子之意。此文实际自陈心迹，说明自己回乡是为了养病，而非真要退隐。王阳明本来就有很强的儒家用世之心。这些日子以来，回归朝廷的想法越来越强烈。而且，有理由推断，父亲王华回乡也有敦促其子复出的意图。
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