[NAR|2019] NGPhylogeny.fr一键式进化分析

我们在做多基因分析的时候，有时候会做需要对多个基因进行序列匹配来查看其序列之间的相似性，观察不同基因之间的序列的进化关系。NGPhylogeny.fr是一个一键式进化分析的网上数据库。这个数据库包括了现在主流的一些进化分析的软件。通过自己选择使用哪个软件来完成一键式的进化分析。

image.png

这个数据库分成三个模式：One Click: 软件和参数默认来进行进化分析。Advanced：软件默认，各个软件的参数自己来选择。A la Carte自定义软件+自定义参数

image.png

输入

我们使用One Click来进行演示。在这个一站式分析里面。我们只需要选择自己想要分析的流程即可。不同的流程之间的区别只是在于Tree Inference使用的软件不同而已。

image.png

我们需要做的就是上传或者输入fasta数据就行。然后点击Submit

输出

在经过一段时间的分析后，我们可以得到各个软件的分析结果。

image.png

对于每个软件的分析结果。数据库也是提供了数据下载的地方和查看的地方。例如对于整体单个氨基酸比对的结果。

image.png

需要注意的，这个数据库还提供了一个外部链接到iTol的网站。这个网站可以用来自定义进化树。

image.png

通过这个网站。我们可以进一步的自定义自己的进化树。来画出更好看的进化树结果。

image.png

代码行

同样的对于代码行数据库也提供了，这个是使用Docker来进行分析的。

• Starting Galaxy

docker run --privileged=true -p 8080:80 -p 8121:21 -p 8122:22 evolbioinfo/ngphylogeny-galaxy

• Starting NGPhylogeny.fr (MacOS)

docker run -p 8000:8000 evolbioinfo/ngphylogeny admin admin@admin http://host.docker.internal:8080 admin

• Starting NGPhylogeny.fr (Linux)

docker run -p 8000:8000 --net=host evolbioinfo/ngphylogeny admin admin@admin http://localhost:8080 admin

• Then open your browser at [http://127.0.0.1:8000