祖师一词并不是外来的，本是我国古代儒家典籍常见词汇。
比如，《春秋正义》上说：“三传之义本皆口传。后之学者乃著竹帛，而以祖师之目题之。”也就是说，那些著书立说，传达道德大义，成为学者师范表率的，都被称为祖师。
另外，祖师之“祖”又有开创起始的意思。比如《汉书·儒林传》记载：丁宽师从田何学《易》，学成后东归，开门授徒，传播易学经义，被称为“易之始师”。后来，佛道二教也效法于此，将自己教内开宗立派的创始人称为祖师。可儒家反而渐渐不用这个称谓了。为此，还有儒门人士忿忿然的说，祖师一词本出儒宗，如今释老用之甚欢，儒家本宗却不再用，深感不平。
佛教有祖师之说，起于唐代。当时有一位慧炬禅师，写了一本书叫做《宝林传》，记载自达摩以后历代禅师事迹本末。其中提到，为什么西天诸师被称为祖……于是，祖师一词就跟佛教正式结缘了。为此慧炬禅师编排了西天二十八祖和东土诸祖。慧炬禅师出自禅宗，所列祖师也都来自禅门，视之为佛教正宗。
到了宋代，禅宗云门派势力很大，许多禅师都有朝廷支持，著书立说，禅风炽盛。直到南宋时期，终于有天台宗人站出来了。有位宗鉴法师著述《释门正统》，严厉驳斥宝林传伪造历史，夸大其词，与历代僧史记载不符。并重新编排了祖师体系。又有景迁法师著《宗源录》，都是以天台宗为正统。
再后来，天台宗的志磐法师《佛祖统记》问世了。这部书根据释门正统、宗源录等，重新编写祖师体系，详述祖师事迹。并且不再局限于天台一宗，还给佛门各宗都编排了祖师体系，又仿照儒家历史学者的习惯，书写本纪、列传等。从此，佛门的祖师家风蔚然建立了。
志磐法师写书时，为祖师设立了标准：观行修明，讲训有旨，著书明宗。也就是说，这时候的祖师还是基于个人修为和贡献而立，还不必牵涉师资法脉传承。特别明显的就是净土宗祖师的前身——莲社六祖。
然而渐渐的，祖师的传承沾染了世俗风气，成了后世山头子孙庙传统的滥觞。祖师的推选也逐渐偏离志磐法师设立的标准，而变得人情化色彩浓郁了。后代对前辈祖师的质难之声也频见史册。这种教义差异而引发的讨论，本属正常，但随着时代演进，祖师被神圣化，质疑探讨成了禁忌。祖师之间的批评讨论也被有意识的掩盖。如果我们不深入祖师著作，就完全看不到。这种情形已经严重破坏佛教自依止、依止于法的精神了。
佛陀时期本来都是比丘们清净自修，并没有人身依附和情感链接的关系。但是这么做，有一个弊端。据佛典记载，有一次佛陀在某地游化，发现一些老比丘上了岁数，没人照料，晚景凄凉。同时有些出家时间不长的弟子无人管教，行为不检点，严重破坏威仪形象，造成很不好的影响。于是佛陀制定了僧人之间的师徒关系，为的是让老比丘有人奉养，年轻人有人管教。然而始终没有祖师的说法。
佛教来到中国，在儒家宗法制文化的影响下，特别重视人际关系的传承，于是借用了儒道思想，才有了佛教的祖师体系。不这样做，就显得佛教师出无名，难于立足于世了。这是中国文化的一大特色，为中国佛教的生存发展也曾作出贡献，其实无可厚非。
但是逐渐的，祖师制度成了宗派斗争的工具，以法相见、不以情牵的初衷渐渐消失。本为传承正法而有的祖师体系成了后世弟子谋生混日子的招幌。蕅益大师曾著《儒释宗传窃议》等论，力诋明清之际已经变味的佛法传承制度，就是深感这个制度已经成了破坏僧团形象、败坏戒法清净的根源，力求恢复佛法的本来面目。
但显然，大师的声音太弱了，没有起到效果。未来会有改变的希望吗？期待会有吧……
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