建立明朝政权，东征西伐统一天下之后，朱元璋就开始思考如何治理天下。
从秦朝时期开始的宰相制度一直延续千年，朱元璋却对它产生严重的不满，因为它把大部分权利集中在中书省和宰相手中，皇帝的实力权利被瓜分，大大降低了皇权。朱元璋认为：“设相之后，臣张君之威福，乱自秦起。宰相权重，指鹿为马。自秦以下，人人君天下者，皆不鉴秦设相之患，相从而命之，往往病及于国君者，其故在擅专威福。”他总结元朝灭亡的原因，认为其中之一，就是“委任权臣，上下蒙蔽故也”。于是，去宰相的想法在朱元璋思想里逐渐强烈。
但宰相制度毕竟实行千余年，即便是皇上，也不能说去就去。朱元璋明白去宰相制度，是动一发而牵全身，他是个心思缜密的开国皇帝，所以他设定了堪称完美的计划。
首先，朱元璋从削弱地方权力开始。洪武九年（1376年）下令，改行中书省为承宣布政使司（俗称行省，省），各行省另设提刑按察司，又设都指挥使司，与布、按并称三司，为封疆大吏。他们不相统属，各自直属中央。这样，原来由行中书省长官总揽的大权，便一分为三，分别掌管财政民政、司法，军事。三者互相牵制，凡遇到重大政事，就要有都、布、按三司会议，上报给中央的部院。由于三个部门都分别直属中央，原来地方长官的权利就被削弱为三分之一了。
其次，朱元璋对中央统治机构进行了改革。当时中书省大权掌握在左丞相胡惟庸等人手中，在胡惟庸之前，宰相是李善长和杨宪，因为朱元璋觉得他们不够听话，不能按照他的意志行事，所以废了李善长，杀了杨宪，让谨慎听话的胡惟庸上位。但是，胡惟庸并没有始终如一保持听话，他逐渐开照宰相的职权行事，“生杀黜陟，或不奏径行”。朱元璋对此自然是不能容忍的。所以，在改革地方官僚机构的第二年，借元勋重臣压制中书省等机构权力。朱元璋又“命奏事毋关白中书省”，这就把中书省变成了一个有名无实的空架子了。
洪武十三年（1380年）正月，朱元璋终于以阴谋政变的罪名杀了胡惟庸。罗织胡惟庸的罪状是：组织党羽，收集军马，勾结倭寇和蒙古，请兵为外应等。朱元璋乘机废除了中书省及丞相制，分中书省和丞相的权于六部，相对提高六部的职权和地位，由六部尚书直接对皇帝负责。
终于废除宰相制度，去除朱元璋心腹大患，他觉得可以以他自己的意志统一天下了。然而对于废宰相以后皇帝担负的繁重工作，必须有人分担，所以后来创建的内阁和内阁首辅机制，虽然加强了皇权，但其弊端明显，不比丞相制度好多少。皇帝权利大了，责任也多了，但精力是有限的，不得不设计大理寺通政司锦衣卫镇抚司等诸多机构为皇帝服务，后世演变成东厂西厂等令人闻风丧胆的特务机构。
不得不提的是，胡惟庸案被朱元璋一再扩大范围，最后株连被杀者三万余人。
朱元璋以“擅权植党”的罪名杀了胡惟庸，同时被杀的有陈宁、涂节等数人。以后又加胡惟庸以“通倭”、“通虏”和“谋反”的罪名，并不断牵连扩大。十年后，到洪武二十三年又兴大狱，于是李善长、陆仲亨、唐胜宗、费聚、赵庸、郑遇春、黄彬、陆聚、金朝兴、叶昇、毛麒、李伯昇、丁玉等，都以与胡惟庸交通谋反被杀。
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