幽州平乱，武攸宜最终还是用了陈子昂的歼敌方案，才消灭了孙万荣为首的契丹叛军取得胜利。可是回朝后，陈子昂仍然继续担任右拾遗。陈子昂此时才对武周统治集团有了彻底清醒的认识，于是他萌生辞官还乡的念头。
698年秋天，陈子昂以父亲年老多病，需要尽孝为由，上书武则天，请求辞官归乡。武则天挽留不住他，只好让他挂着右拾遗的官衔归侍老父。
699年初春，陈子昂带着家眷，一身轻松地回到了射洪县武东老家，并在武东的西山上修了十多间茅屋，开了几亩园子栽桑种药，过起了读书耕种不问世事的隐居生活。
除了读读写写、耕耘园子外，陈子昂还辅导弟弟和自己儿子陈光学好功课，陪妻子看日出日落，云舒云卷，有时还去独座山上和晖上人谈经说佛，感天叹地。可谓日子过得平静而又惬意。
惬意的生活总是过得很快，不知不觉中陈子昂已经返乡半年余了。7月7日这天，本来晴好的天空，突然乌云密布，狂风大作，山雨欲来风满楼。也恰是这天，不幸再次降临了陈家：陈子昂的父亲陈元敬病逝。悲痛的陈子昂只好放下刚拟好的准备纂写《后史记》的提纲，全力操办起父亲的丧事，他跑前跑后，忙里忙外，一个多月他才忙碌完。
政治上失意的陈子昂，心情本来就很抑郁，回乡归隐半年，心情刚刚有所好转，却因老父病故，又使他的情绪降到了冰点。不久，身心交瘁的他，竟一病不起。治疗调养了两个月，病情才有所好转。
在陈子昂家出现变故的这段日子里，朝庭也正发生着重大的变革，女皇武则天决定将皇位还给中宗李显，武承嗣、武三思、武攸宜虽已感到末日来临，但仍未死心，还要作最后的垂死挣扎，他们加紧了迫害朝中和地方有影响官员的步伐。陈子昂带官归侍，武皇当时是有条件的：随时等候召唤回朝。武氏几弟兄他们对此是十分清楚的，如果陈子昂回朝，将会对他们更加不利，于是，他们密令射洪县县令段简将陈子昂监禁，让其身败名裂，无脸还朝。
“监禁陈子昂，太好了，他陈家家大业大，监禁了他陈子昂，我岂不可大捞一把吗?”贪官段简一拍大腿兴奋地说。
“这样行吗？他可是朝臣啊!并且他还是武皇的宠臣啊！”县丞质疑道。
“怎么不行？落地的凤凰不如鸡。他既然是文官，我们就给他来个以文治文。”段简回道。
又到了每年9月28日的祭孔日。这天，陈子昂应邀参加了县丞主持的祭孔大会。会后，县丞把他留在了县衙，说他受段县令委托，请陈子昂把下面几个问题写成书面材料，以便段县令回奏上司。
“什么问题？”陈子昂急问。
“第一，歌女窈娘是畏罪自尽，你为何写招魂诗？”县丞问。
“目无国法，夺人之妻，罗织罪名，连害两条人命，悲愤而作，悼念亡友，有何不妥？”陈子昂气愤地说。
“第二，当今神皇，亘古未有，开创盛世，你为何有‘后无来者’之说？”
“幽州台上，有感而发，时为何时？事为何因？你知道吗？”陈子昂冷冷一笑。
“第三，你为你父亲写的墓志铭中，有‘青龙癸未，唐历云征’，‘大运不济，贤圣罔象’的句子，犯了圣上大忌，作何解释？”
“此乃我引家父教诲之句。家父激励我在这贤圣相逢的时代，施展才干，积极进取，何罪之有？”陈子昂质问道，“文字之祸，古已有之，你们如此下作，足见你们急欲置我于死地！”陈子昂怒不可遏地站起来，意欲离开这是非之地。
“陈拾遗，慢！段县令很快就要回衙，你还是就在此地等他，把问题说清楚。”县丞说完便离开了厅堂。陈子昂知道来者不善，武氏兄弟既然给了他们的密令，他们岂能罢休？现在看来，自己已被他们软禁了。
段简见无法逼陈子昂就范，和县丞商量，决定查抄陈子昂书房，再找证据。
陈夫人见县丞带着衙役来查抄陈子昂的书房，不知发生了什么大事。一打听，才知陈子昂已被他们软禁，于是找关系托人说情，给段简送银票二十万缗，请求放人。结果不见效果，于是又立即写信给陈子昂好友卢藏用，请他设法向武皇陈述陈子昂的冤情。
查抄完陈子昂的书房后，简段他们终于找到了制服陈子昂的“证据”。
“陈子昂，你身为朝臣，知法犯法，私纂国史，还不知罪么？”再审陈子昂时，段简单刀直入地问。
“唐自太宗以来，禁止私纂国史，国史是专置史馆的史官修纂的，并由宰相总监，而今你却私纂《后史记》，是何用意？”县丞接着说。
“我陈拾遗是圣上近臣，我居家守制，纂写《后史记》是获得圣上恩准的。你们欲加之罪！”
“圣上恩准？证据何在？手谕何在？”
“啊！”
从昏迷中醒来的陈子昂，发现自己已经关在了牢房里。回想起段简的审问，他好后悔啊！当初为什么不向圣上讨一道恩准纂写《后史记》的手谕呢？现在真的是有口莫辩啊！现在看来，此次自己犯在武氏兄弟手下，定是凶多吉少！
他只感到身心疲惫，仿佛生命已走到了尽头，回想自己走过的一生，恨过，爱过。“感时恩报国，拔剑起蒿莱”，也展示过自己的才华和志向。算了吧！就在独座山边睡下吧，听两江涛声，看涪江春水，青山为伴，绿水为友，化作泥土，化作永远向前的悠悠涪水……
陈子昂被关入县衙牢房中已一个多月了，可是，段简既不审又不判。陈夫人探监几次都未见到陈子昂的面，心里非常着急，又给段简送去了二十万缗银票，希望放人，结果仍不见效。无法，她只好等圣上的诏书了。
经过卢藏用等好友的多方活动，武则天终于知道了陈子昂的冤案，于是她立刻下旨“释放陈子昂”。并派两位宫中女将军火速赶到射洪，向段简传达圣旨。两位女将军昼夜兼程，很快到达了射洪县城涪江的对岸，可是天不遂人愿，时值倾盆大雨，洪水暴涨，涪江无法撑渡，两位女将军只得干着急。
几天后，洪水退去了，两位女将军急速赶到县衙传达圣旨，可是晚了，陈子昂已死在狱中。两位女将军听到这不幸的消息，悲痛万分，“我们来迟了，我们来迟了，无脸回朝复命啊！”说完两人投江自尽。
陈子昂的早逝，激起了射洪县城居民的愤怒之情，他们自发组织起来罢市，要求严惩贪官段简。
唐中宗接位后，将祸国殃民的武氏兄弟处决，并派刑部章仇兼琼一行五人来川侦查，终于为陈子昂昭雪平了反，并将贪官段简处以了极刑。（后来民间传说死后的段简被天神用钢锤擂成了一方臭石头，叫他遗臭万年。）
按照陈子昂生前意愿，陈子昂尸体安葬在独座山脚下。丧事办完后，卢藏用将陈夫人和陈子昂的两个儿子陈光、陈斐接入了京城悉心培养。日后这两弟兄皆进士及第，陈光曾任膳部侍郎中，商州刺史。陈光的长子陈易圃官至监察御史，次子陈简甫官至殿中侍御史。陈斐先后出任河东、长安、蓝田县尉。
一年后，卢藏用把陈子昂生前的诗文收集成书，并为其撰写了《右拾遗陈子昂文集序》，使陈子昂的诗文流传至今。
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