18世纪还有一个重要发现，就是猫屎咖啡。猫屎咖啡产自印尼，当时荷兰人在印尼爪哇岛和苏门答腊岛建起了自己的咖啡豆种植园。当地人只能劳作，但是不允许采摘、食用自己种植的咖啡。
当地有一种动物麝香猫，特别爱吃粒大饱满的咖啡果实。它吃下咖啡后，只能消化咖啡果实的表面，坚硬的咖啡豆会随着粪便排泄出来。猫屎咖啡就是麝香猫的排泄物。其发现有两种说法。
一是印尼的咖啡豆农民一直在与麝香猫斗争，因为麝香猫总是在树上挑最好的咖啡果实吃，很多咖啡豆都被麝香猫糟蹋了。大概18世纪的某一天，有一个农民偷懒了，他不想爬树还想完成采摘任务挣点钱，于是他就把麝香猫排泄物中完整的咖啡豆捡起来，处理干净上交。这些豆子最终到了咖啡经销商手里，当他品尝后立刻被这些咖啡的独特风味所折服。于是他刨根问底，发现了猫屎咖啡。
二是殖民者的咖啡种植园，农民们没法得到，但是他们发现麝香猫的粪便中有没被消化的咖啡豆，这些豆子经过猫的消化，基本保持完整。他们就把这些咖啡豆捡回家清洗干净，研磨后饮用，没想到风味独特，很快就传到了殖民者耳朵里。
最先把猫屎咖啡引进美国的蒙塔纳斯公司，当初听到这种体内发酵咖啡，以为是业界笑话，并未当真，后来在《国家地理杂志》又看到猫屎咖啡的特别报导，才产生兴趣，花了七年工夫找到稳定供货来源，开始引进美国。
现在猫屎咖啡价格高昂1公斤猫屎咖啡豆高达USD 1200。但是麝香猫数量有限，而且人们无法控制麝香猫什么时候吃咖啡果实，吃多少，什么时候排泄，排多少，所以猫屎咖啡的产量极少，每年供应全球的咖啡豆最多也不会超过400公斤。市场上85%的猫屎咖啡都是假的，即使是真正的猫屎，也大都是人工喂养，野生的少之又少。
因为高昂的价格，猫屎咖啡带动了一股不良的风气。之后陆续出现了大象屎咖啡、松鼠屎咖啡、鸟屎咖啡。人们为了得到这些昂贵的排泄物，对动物采取了一些很残忍的手段，这是很不人道的。
2013年，我国云南开始生产猫屎咖啡。云产麝香猫咖啡产于云南的保山高黎贡山的潞江坝，有3个野生果子狸咖啡采集区。这种咖啡每年仅有50到100公斤，非常珍贵。
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