《牟子理惑论》通称《牟子》，又叫《理惑论》。唐朝僧人神清在《北山录》中说，该书原名为《治惑》，后来唐代人为避唐高宗李治的讳，才改成《理惑》。可是书里还有其他地方用到“治”字却并未改动，可见由唐人避讳改名的说法并不可靠。
《牟子理惑论》是中国最早的佛教论书。全书正文307章，正文前有牟子的传记作为“序”，书末有“跋”。而牟子“教人守恬淡之性，观无为之行。以《老子》之要旨，譬佛学之所说，谓佛道在法自然，重无为，因其重淡泊无为，而视道家（指神仙学）养生之术为诬妄。”
《理惑论》是了解佛教初传中国的情况，研究中国佛教形成和发展的一部重要文献。
《牟子里理惑论》全书共三十九章，首章一般称为序传，最后一章称为跋，正文共三十七章。序传部分，介绍牟子的经历和著书的缘由，所述史事多可与史实相印证，其中一些记述可以补史料之不足，其所言当时社会动乱状况、交州地区思想学术界之动态，以及作者为什么作此书，经学者考察，都与实际情况相符合。
全书均采用自设客主进行问答的形式展开，所假设的问者是个来自北方的儒者，他昔在京师，入东观，游太学，视俊士之所规，听儒林之所论，未闻修佛道以为贵，自损容以为上，对儒道释提出种种疑问；而设置的答者是牟子，根据对方提的不同问题，大量引用儒、道和诸子百家之书给以解释，对佛教教义学说加以发挥阐述，以图论证佛、道、儒观点一致。
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三界唯心，万法唯识。
———《华严经》
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