正德十二年（1517年）
五月八日，王阳明回到赣州治所，上《闽广捷音疏》申明赏罚，同时给兵部尚书王琼写信，报告战果，请求犒赏部队，积蓄力量，为秋冬发动对湖南、广西境内的匪巢发动攻势作准备，并请授予专一之权。待秋冬战罢，乞归山林。
然后王阳明开始整编队伍，建立兵符制；上《攻治盗贼二策疏》、《类奏擒斩功次疏》；上《添设清平县治疏》，建议新设平和县，加强地方治理。
五月底，王阳明再次给兵部尚书王琼写信，他说福建境内的匪患虽以解除，但南昌、赣州的匪徒数倍于闽，而且处于四省交界之处，且巡抚不能干预地方民事，自己的号令实际只在赣州城有效，并且也受地方行政机关的掣肘。因此建议撤销对南赣巡抚的限制，改以统制两广，至少任江西巡抚，一应车马钱粮，都由巡抚统一裁处。剿匪是为了安民，安民又是剿匪的关键。现在只让我剿匪，不让染指民事，就像医生看病只管用药，却不管病人饮食调养。
王阳明同时给旧识、文渊阁大学士、礼部尚书毛纪（字维之，号砺庵）写信，表达了同样的诉求。
六月十五日，王阳明上《疏通盐法疏》，称两广盗匪正准备大动，宜及早乘虚而入，故请准许向盐商抽取什一税，既不扰民，又可充实军费。同时写信给王琼，恳请他从中促成。
七月十五日，王阳明再上《议调用三省夹攻官兵》，要求朝廷下令，命九江府知府汪隶、吉安府知府伍文定、汀州府知府唐淳、程乡县知县张戬、抚州府东乡县知县黄堂、建昌府新城县知县黄文鸑、袁州府萍乡县知县高桂、吉安府龙泉县知县陈允谐等听从自己调度指挥，如有违抗推托，许以军法从事。
七月十六日，圣旨终于下达，命王阳明巡抚南、赣、汀、漳左佥都御史王守仁提督军务，给符帜，俾便宜行事。
兵部下文《爲申明赏罚以励人心事》，申明王阳明职权：给与旗牌应用，以振军威；一应军马钱粮事宜，径自便宜区画；文职五品以下，武职三品以下，径自拏问发落；所部官军，若在军前违期逗遛退缩者，俱听以军法从事；生擒盗贼，审问明白，可以斩首示众；升赏事宜，听本处兵备副使会同该道守巡官，实时纪验明白，备行江西按察司，议拟升赏。
王阳明接收钦给旗牌八面。镇守太监毕真企图充任王阳明的监军，被王琼上奏及时阻止。
八月，旱稻将熟，两广盗匪计划出兵抢收，于是大修战具，出兵攻打南康、南安县城，王阳明早有部署防备，击败了攻城匪徒。
九月十一日，朝廷敕谕发到各地，着听王阳明提督军务。
九月中旬，王阳明制定三省夹剿方略。当时两广狼兵（当地土司武装）刚刚班师，重新集结需要时间，如果湖广、江西官军集结而不动，势必引起匪徒警觉。
故王阳明决定，第一步，先集结湘赣官军夹击赣州上犹境内的匪巢，同时安抚乐昌之匪徒，可避免其出兵援助。等战斗任务完成，狼兵集结也差不多了。第二步，联合湖广、两广部队夹击江西境内和两广韶关乐昌地界的匪巢，江西部队休整待命，以麻痹敌人；龙川之贼相距遥远，必不疑官军会来攻打自己；第三步，班师之际，合两广、江西之兵，突袭惠州龙川之贼。
王阳明发布《告谕浰头巢贼》，利用心理战，分化瓦解乐昌地区匪军的战斗意志。
至十二月九日，第一步和第二步剿匪行动结束，扫平横水、桶冈等大寨，王阳明班师回赣州，向朝廷奏捷，有诗咏怀：
茶寮纪事
万壑风泉秋正哀，四山云雾晚初开。
不因王事兼程入，安得闲行向北来。
登陟未妨安石兴，纵擒徒羡孔明才。
乞身已拟全师日，归扫溪边旧钓台。
赣州南康县耆老为王阳明修建阳明生祠，刘节（字介夫，号梅国）作《都宪阳明王公生祠记》。
十二月二十六日，兵部行文到，并附圣旨，限制了王阳明的提督之权，要求他今后用兵必须会商江西镇守太监。
闰十二月二日，王阳明上报剿匪有功人员名单，请求朝廷赏赐，他们是监军副使杨璋，参议黄宏，领兵都指挥佥事许清，都指挥使行事指挥使郏文，知府邢珣、季斅、伍文定、唐淳，知县王天与、张戬，指挥余恩、冯翔，县丞舒富，随征参谋等官指挥谢昶、冯廷瑞、姚玺、明德，同知朱宪，推官危寿、徐文英，知县陈允谐、黄文鸑、宋瑢、陆璥，千户陈伟、高睿等。
闰十二月五日，上奏朝廷，建议设立崇义县，上堡、铅厂、长龙三巡检司。并致信兵部尚书王琼，报告战后局势。
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