笛卡尔对经院哲学和其他一切权威都持普遍怀疑的态度，他不相信感觉、经验和记忆，认为它们可能都是虚假的，不可靠的。感觉不能向我们展示事物的自身，而只能影响我们。
我们只能通过清晰的思维和推理来认识真正的事物，思维和推理的基础，即那些基本概念和原理是心灵所固有的，是与生俱来的，是先验的。
这个世界上，没有什么是确定无疑的，只有一样东西是真实的，那就是我在怀疑，“我思故我在”。怀疑意味着思维，思维意味着存在，我思维，所以我存在。“我”是一个思维着的事物，或精神的实体。
日常意义上的我，是身体和心灵两个部分的有机整体，而"我思故我在”之“我”，仅指灵魂的“我”，是精神的实体存在。笛卡尔借此阐明一个完全脱离物体（包括身体）的心灵实体的存在，它是完全独立的，不依赖于物体而存在。这个“我”是先于“思”而存在的，“思”是由“我”发出来的。“我思故我在”不是一种因果关系，而是必然联系，“我在”这一结论，它不需要任何前提条件，它是自明的，不是由“我思”推出“我在”。中文译文用“故”是不够准确的，我们不能从字面去理解。
笛卡尔哲学思想的精髓就在于用普遍怀疑的态度去求证知识的来源，我们可以怀疑感觉、怀疑权威，怀疑已有的理论，但我们不能怀疑“怀疑的实体--我”的存在。
所以，“我思故我在”，这一命题是绝对确定的，真实的，是哲学的基本原理，是检验真理的标准。
“我”，一个有限的、不完善的存在者。“我”认为，上帝是无限的，完善的，“我”的这一观念，不可能产生于有限的、不完善的“我”，而必定是有一个无限的、完善的上帝把这一观念置于“我”的心灵之中，“我”的上帝观念是天生的。
简言之，“无”不可能产生“有”，所有的存在必定有一个终极的原因，那只能是上帝。最终的原因只能是唯一的，上帝是一切结果的原因。“我”具有上帝观念本身，证明了上帝的存在。
这一论证过程，通过因果推论，从上帝的观念的存在推进到上帝的存在，通过形式推论，从上帝的本质推进到上帝的存在。这是“我思故我在”作为检验标准的一个实际应用。
上帝是无限的，完善的存在，他的创造物都是善的，而不是在上帝之先存在一个善的标准，上帝据以创造善的事物。因此，上帝的启示是第一性的，只有不违背上帝启示的前提下，理性才是可接受的。
理性为什么会犯错误？上帝赋予我们辨别真伪的能力是有限的。我们的理性知识的产生是理解力和意志共同作用的结果。理解力是认知事物的能力，意志是选择的能力。当我们对事物的认知还没有完全清晰而明确时，意志就已经做出了判断。
确信外部世界真实存在这一观念，是上帝赋予我们的，而不是我们通过感觉经验到的。感觉是由真实的物体引起的，但它并不等同于真实，它经常发生错误，还好上帝也赋予我们的理性修正错误的能力。
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