汉元帝永光二年，公元前42年，七月，陇西郡羌族部落彡姐的旁支反叛，元帝下诏召丞相韦玄成等人入朝议事。当时，粮食连年欠收，朝廷正为此忧虑，又遇上羌人叛变。丞相韦玄成等人不知所措。
右将军冯奉世说道：“羌人在境内反叛，若不及时剿杀，无法威慑远方蛮夷之族。臣愿领大军征讨！”元帝问需要多少兵马，冯世奉回答：“臣听说善用兵的人，不两次起兵，不三次运粮，军队不应长久暴露于野外，需要快速解决战斗。过去没有搞清敌人情况，以至于军队受到损失，接二连三地征调士兵，费时耗物，军队的锐气也受挫。现今叛乱的羌人不过三万人，按兵法应当出一倍的兵力，也就是六万人。考虑到羌人也就只有弓矛为兵器，兵器也不锋利，我们可用四万人，一个月足以解决战斗。”丞相、御史及车骑将军、左将军都认为：“百姓正在秋收季节，不可多发兵，以一万人驻扎防守就够了。”冯奉世说：“不可！目前正是饥荒之年，兵卒战马瘦弱，体力不济，加上战备长久废置，边外夷狄之人有轻视边境官吏之心，而羌人是首先发难。现在如果以一万人分兵驻守于多处，敌人见兵少，也就不害怕。战则损兵折将，守则不足以救百姓。这样一来，怯弱的势态就会暴露给敌人。羌人乘着有利时机，各族群一齐呼应，相互煽动起兵，那时，臣恐怕需要征调的兵卒就不止四万了，这不是金钱所能解决的。因此，少发兵马而旷日持久，与一举剿灭而速战速决，其间利害相差万倍。”冯奉世力争，但也没有得到足够兵马。元帝下诏，在一万人基础上再增加二千人。于是，冯奉世率领一万二千兵马，以领兵屯田名义发兵。典属国任立、护军都尉韩昌为偏将副手，到陇西郡，分别屯兵三处。韩昌先派遣两校尉与羌人作战，因羌人多，都被打败，两校尉被杀。冯奉世向朝廷呈上根据地形态势应部署的人数计划，希望增加三万六千人，才足够解决战事。上奏之后，元帝一下子增兵至六万余人。八月，朝廷任命太常弋阳侯任千秋为奋武将军，前去助战。十月，兵马全部集结于陇西。十一月，所有兵马齐头并进，大破羌人，斩首数千级，剩下的全部逃出塞外。交战还未决出胜败，朝廷又招募勇士万人，以定襄太守韩安国为建威将军。大军还未开拔，闻报羌人已破，于是返回。元帝下诏让士卒复员，但也留了一部分兵力驻守垦田，在要塞防守。
汉元帝永光三年，公元前41年，二月，冯奉世还京师，改任左将军，赐爵关内侯。三月，元帝赐封皇子刘康为济阳王。四月，平昌侯王接去世。七月，任命平恩侯许嘉为大司马、车骑将军。十一月，地震，降大雨。
这一年，朝廷恢复盐铁专卖制度。规定博士弟子的定员为一千人。这是因为朝廷经费不够开支，而民间又有许多人免除赋税徭役，使朝廷无法供应内外徭役费用。
汉元帝永光四年，公元前40年，大赦天下。三月，元帝前往雍城，在五畤祭祀。六月，宣帝陵园东门失火。
六月三十日，出现日食。元帝召来那些先前说天变灾难都是因为周堪、张猛而发的官员进行责问，他们都跪拜于地谢罪。元帝下诏褒扬周堪、张猛，调回京师长安，任命周堪为光禄大夫、中二千石，主管尚书事务；任命张猛为太中大夫、给事中。这个时候，中书令石显兼管尚书，尚书五人都是石显的党羽。周堪很难见到元帝，有事只能通过石显向元帝奏报，大政方针的决定权由石显控制。正巧周堪得了失音病，不能说话而去世。石显又诬陷张猛，强迫他在公车官署自杀。
开始的时候，贡禹上奏说：“惠帝、景帝的祭庙，因为亲情己尽，应该撤除。各郡、各封国设置皇帝祭庙，不合古代礼制，应该改正。”元帝认为他说的对。七月初十，元帝下诏撤除昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的祭庙，都不再祭祀，只设置官吏兵卒守护。十月十九日，又撤除设置在各郡、各封国的祖宗祭庙。元帝又下诏，各先帝的陵园，分属三辅管理。元帝在渭城寿陵亭部原上规划自己的墓地，下诏不要把它发展成为一个县，也不要强迫各郡、各封国移民到那里。
汉元帝永光五年，公元前39年，正月，元帝前往甘泉，在泰畤祭祀天神。三月，再往河东郡，祭祀后土神。秋季，颍川郡水灾，淹死很多百姓。冬季，元帝前往长杨宫射熊馆，大肆游猎。十二月十六日，元帝采纳丞相韦玄成等人的建议，下诏拆毁太上皇、孝惠皇帝的祭庙。
汉元帝喜好儒家的学说和文章，对宣帝时的法令制度多有改变。向元帝提出政见的人，多数都得以召见，每个人都认为皇帝很在意自己。傅昭仪和她的儿子济阳王刘康受到元帝特别宠爱，超过了皇后和皇太子刘骜。
太子少傅匡衡上书说：“我听说治乱安危的关键，在于人主是不是真正地用心。君王接受天意，务在开创大业并使它世代相传；继任的君王，心思则应当放在继承和发扬祖先的恩德功业上。从前，周成王继承王位，追思祖父周文王、父亲周武王治世之道以培养自己的心性，把自己创造的业绩、赢得的声誉都归功于先王而不敢居功，因此上天享受他的祭祀，鬼神也都保佑他。陛下的圣德象天一样覆盖大地，爱民如子，但现下阴阳不调，奸诈邪恶没有禁止。这大概是因为臣子未能发扬光大先帝的盛大功业，反而争先恐后地抨击过去的法令制度不可用，一定要加以改变，然而，往往是很多制度改变了之后却无法执行，只好再恢复，造成臣下是非易位，官吏和百姓无所信守。我对国家放弃人心所乐的已成的制度而无用地去改变先前的制度非常痛恨。诚愿陛下认真回顾汉室世代相继的故事，奉行先帝的法令制度，弘扬先帝的功业，以安定臣下之心。《诗经·大雅》说：‘无念尔祖，聿修厥德。’不要忘记祖先的教诲，努力修养自己的德行。这是能达到至德的根本方法。《诗传》说：‘审好恶，理情性，而王道毕矣。’知道应该喜爱什么、厌恶什么，改变自己的使性情使之变好，就可以实现王道了。修养性情，一定要知道自己的长处、弥补自己的不足。聪明通达的人要警惕明察秋毫，见识不广的人要警惕被蒙蔽，勇猛刚强的人要警惕过于暴烈，仁爱温良的人要警惕没有决断，恬淡安静的人要警惕贻误时机，胸襟广阔的人要警惕疏忽大意。一定能要按照义的规定了解自己所应当注意纠正的缺失，然后才能达到万事和谐，那些巧言伪善之徒就不敢结党进入朝廷。务请陛下注意，以使陛下的圣德更为崇高。
“我又听说，家庭如果能够做到和睦，则天下自然得到治理。所以《诗经》从《国风》开始，《礼记》从冠礼、婚礼讲起。从《国风》开始，是为了推究人的性情，以明确人伦；从冠礼、婚礼讲起，是为了奠定家庭和睦的基础，以防患于未然。所以，圣明的君王一定要慎重处理妃嫔与皇后之间的关系，注意区分嫡子与庶子的地位，把礼仪行于自己家内。地位卑下的不能超过地位尊贵的，新来的不能排在旧有的之前，这样才能理顺人情，顺乎阴阳。尊嫡子卑庶子是这样的：嫡子成年举行加冠礼时，要在高台上进行，使用甜酒祝贺；其他的儿子，不能用这种仪式，其目的就在于显示嫡子的尊贵以使其立于无可怀疑的地位。这不仅仅是表面的礼节仪式，而是在内心真正把嫡子与其他儿子区别开来，所以用礼仪来显示出来。圣人的举动、娱乐、亲近，都要按照尊贵卑贱的次序，这样，百姓都会比照君主去做。如果应当亲近的反而疏远，应当尊重的反而放到卑下的地位，那么巧言邪恶之徒就会乘机而动，使国家混乱。所以圣人从一开始就很谨慎，以防患于未然，不因私人的好恶伤害天下公义。正如《易传》所说：‘正家而天下定矣。’家庭管理好了，天下也就安定了。”
当初，汉武帝曾经堵塞黄河决口，筑宣房宫。后来，黄河又在北面的馆陶决口，形成屯氏河，沿东北方向注入大海，因为河床广度深度与黄河相同，所以任其自由流动，不再筑堤堵塞决口。这一年，黄河在清河郡所属灵县鸣犊堤再度决口，屯氏河于是无水干涸。
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